首先在TCGA队列中比较HNSCC和正常组中IL1B的表达水平(图1A)。根据IL1B表达的临界值,将患者分为高IL1B表达和低IL1B表达组,进行KM生存分析(图1B)。由于KM曲线上出现交叉点,所以作者又进行了Landmark KM分析,结果表明早期(< 36个月)和晚期(> 78个月)HNSCC患者中IL1B的高表达预示着较差的生存率(图1C, D...
2.Seiwert, T. Y. et al. Biomarkers predictive of response to pembrolizumab in head and neck cancer (HNSCC). Cancer Res. 73, LB–339 (2018). 3.Hellmann, M. D. et al. Genomic features of response to combination immunotherapy in patients with advanced non-small-cell lung cancer. Cancer ...
分析TCGA数据库中的HNSC数据,获得免疫系统膨胀、基因表达和相关临床信息的数据。分析IL17A的表达与HNSCC患者的预后、临床分期、生存状态和免疫细胞肿瘤膨胀水平之间的关系。并进行差异分析,相关性分析,GSEA富集分析等。 使用工具: 1,仙桃生信工具(https://www.xiantaozi.com/) 2,TIMER2.0(https://cistrome.shinyapps....
“我们揭示了HPV阳性和HPV阴性头颈癌之间的差异,有助于反思目前对头颈癌的处理方式。”文章的资深作者,北卡罗来纳大学的副教授D.NeilHayes说。 研究人员对279例未经治疗的头颈鳞状细胞癌(HNSCC)进行了基因组分析,其中大多数样本是口腔癌(61%)和喉癌(26%),约80%的样本来自于吸烟者。 25%头颈癌与HPV感染有关,超...
图STAT5A高甲基化对 HNSCC 免疫细胞耗竭的功能影响6.与治疗脆弱性相关的异常甲基化我们探讨了表观遗传特征是否可以将肿瘤分为转录和翻译上不同的亚型。使用UMAP,我们从大量的甲基化信号中生成了甲基化图谱,发现肿瘤按器官系统聚集,如脑(GBM)、肾(ccRCC)、肺(LUAD和LSCC)等(图7A,第一栏)。此外,我们发现肿瘤与其...
这个研究的生存分析并没有使用TCGA等公共数据,但是仍然是证明了:DUSP16 levels were inversely associated with head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) patient and breast cancer patient survival. 如下所示: 通过图例,我们看到了这个生存分析加上了很多限定词:FAmong the 113 breast cancer patients (age...
这个研究的生存分析并没有使用TCGA等公共数据,但是仍然是证明了:DUSP16 levels were inversely associated with head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) patient and breast cancer patient survival. 如下所示: 通过图例,我们看到了这个生存分析加上了很多限定词:FAmong the 113 breast cancer patients ...
We next utilized clinical data and bulk mRNA-seq data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) (Liu et al., 2018) to determine whether CD4+ TFH signatures in HNSCC were related to survival (STAR Methods). 本篇文章将模拟原文的过程做一个生存分析,但是我在原文中找不到TFH signatures对应的200个基因...
Background/purpose Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is one of the most common malignant tumors. The aim of this study was to elucidate the effect of tumor microenvironment-related genes on the prognosis of HNSCC and to obtain tumor microenvironment-related genes that can predict ...
图STAT5A高甲基化对 HNSCC 免疫细胞耗竭的功能影响6.与治疗脆弱性相关的异常甲基化我们探讨了表观遗传特征是否可以将肿瘤分为转录和翻译上不同的亚型。使用UMAP,我们从大量的甲基化信号中生成了甲基化图谱,发现肿瘤按器官系统聚集,如脑(GBM)、肾(ccRCC)、肺(LUAD和LSCC)等(图7A,第一栏)。此外,我们发现肿瘤与其...