GEO和TCGA分别是两种不同类型的数据库,GEO是Gene Expression Omnibus的缩写,主要存储基因表达数据和高通量基因组数据,TCGA是The Cancer Genome Atlas的缩写,主要用于收集和分析癌症基因组数据。这两种数据库在生物信息学和医学研究中都具有重要作用。GEO数据库是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的,提供了一个公开的...
这篇文章把表观遗传组学中的“DNA甲基化”与流行病学做了创新性联合,依靠“TCGA + GEO数据库”中的甲基化数据、转录组数据与临床流行病学数据,两者搭配仅用纯生信分析就完美拿下了13分+的JAMA子刊!文章是从种族和年龄这2个社会因素(临床流行病学特征)角度入手分析TNBC患者的DNA甲基化差异,小伙伴们想一想,换成...
Geo的数据库可以验证TCGA的原因主要包括以下几点:数据覆盖范围广、数据标准化、高质量的数据处理流程和互补性。TCGA(The Cancer Genome Atlas)和GEO(Gene Expression Omnibus)都是生物医学研究领域中的重要数据库。TCGA专注于癌症基因组学,提供了大量的癌症样本数据,包括基因表达、突变、拷贝数变异和表观遗传学信息。GEO...
大家做生信分析的时候,尽量选择TCGA数据库中的最新版本的数据进行下载 材料与方法二:图表结果及复现 1、使用工具 1)仙桃学术工具(https://www.xiantao.love/products) 2)GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds) 3)HPA数据库(https://www.proteinatlas.org/) 2、复现任务 1)Table1 结直肠癌患者的基...
🔎在公共数据库如TCGA和GEO中挖掘数据,其实与自己的转录组研究有异曲同工之妙。首先,你需要获取所有样本的基因表达矩阵,然后进行差异分析、WGCNA等,以找到你感兴趣的目标基因。💉而且,这些公共数据库还提供了丰富的临床信息,比如生存时间等,非常适合进行生存分析。可以说,公共数据库的挖掘是从临床角度出发的,比动...
TCGA、NCBI GEO、NCBI SRA、EBI ArrayExpress等是含有高通量数据的数据库,其中TCGA是一个非常权威的、数据量巨大的、组学丰富的、免费的癌症公共数据库。我们可以基于它进行很多挖掘分析,获得很多结果。 常用的再挖掘分析有: ① GEO或者TCGA数据分析 ② GEO和TCGA数据联合分析 ...
GEO是著名的基因表达综合数据库,并自带GEO2R可以进行差异表达基因的分析,大家应该都有所耳闻! 64页 ICGC 数据库教程 ICGC数据库可作为TCGA数据库的补充,进行肿瘤相关研究。在一些高分的实验性论著中,也常常可以见到使用IGC数据库的身影。 61页 Networkanalyst 数据库教程 ...
公共数据库挖掘呀! 众所周知,TCGA和GEO是最著名的两大公共数据库,前者主要存储高通量(二代测序)数据的肿瘤样本数据,后者GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,论文中涉及到的基因表达检测的数据几乎都提交到了这个数据库。
GEO数据挖掘ceRNA机制(19节课,适用于肿瘤非肿瘤) 01、数据库简介 02、下载数据 03 ID转换 04 添加基因属性 05 差异表达 06 热图绘制 07 GPL转fasta 08 重注释比对结果 09 比对结果ID转换 10 基因属性 11 基因表达和火山图 12 ...
GEO数据库简介 1、GEO数据库是个什么鬼呢? GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。