TCGA、NCBI GEO、NCBI SRA、EBI ArrayExpress等是含有高通量数据的数据库,其中TCGA是一个非常权威的、数据量巨大的、组学丰富的、免费的癌症公共数据库。我们可以基于它进行很多挖掘分析,获得很多结果。 常用的再挖掘分析有: ① GEO或者TCGA数据分析 ② GEO和TCGA数据联合分析 ...
limma进行DEG识别需要3个数据: 1、表达矩阵exprset0:即TCGA下载的《TCGA.COADREAD.sampleMap_HiSeqV2》,20531行基因 X 434 列样本。如果上一步有进行PCA过滤,那么这里样本数量会减少。 exprset0 <- read.table("./data/TCGA.COADREAD.sampleMap_HiSeqV2",row.names = 'sample',sep = "\t",head=T) 表...
文中TCGA和GEPIA网站上的基因型组织表达项目(GTEX)的结肠腺癌(COAD)和直肠腺癌(READ)数据进行了再一次的验证,但是个人认为是从得出结论的数据再绘图,所以缺乏说明力。同时文中表明可从GSE33113得到类似的结果。所以,为进一步验证结果,我从GEO数据库下载了表达数据进行验证。 GSE33113中包含90个CRC患者和6个正常样本。...
🔍 探索TCGA和GEO数据库的奥秘!我们提供差异表达分析、GO/kegg/GSEA富集分析,以及生存预后分析等全方位服务。📊 数据处理与绘图也是我们的拿手好戏,欢迎咨询!📈 做图服务包括:柱状图、箱型图、热图、火山图、桑基图,还有韦恩图、ROC诊断图以及主成分分析PCA三维图等。让你的数据可视化更加生动有趣!💡 无论...
TCGA数据库的产生过程 TCGA官方数据库的介绍和使用(包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据) GEO数据库介绍及使用:高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 12:00-13:30 午餐及午休 第一天下午 13:30-15:00 TCGA相关下载工具 TCGA数据库据下载:RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组...
1. 首先，我们从官网下载了三个文件：基因表达矩阵《TCGA.COADREAD.sampleMap_HiSeqV2.gz》，包含20,531个基因和434个样本的log2(norm_count+1)处理数据；临床表型数据《TCGA.COADREAD.sampleMap_COADREAD_clinicalMatrix》，包含736个样本的性别、年龄、体重等124列信息；以及生存情况数据《survival_...
TCGA、GEO及SRA公共数据库深度挖掘与应用培训班 当今,生物医学大数据的产出已经非常庞大,利用这些公共数据资源并融入自己的构想,然后分析解决生物学问题将是以后的关键,也是目前科研的热点。各种公共数据库呈井喷式发展,如TCGA、GEO和SRA.TCGA(癌症基因组图谱)是全球最大的癌症基因信息数据库,是一个多组学的数据库,包括...
TCGA为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据,以及相关的临床数据。 这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响肿瘤起始、发展、分化、转移等生物学机制提供了海量数据基础。 GEO数据库是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。不仅可以上传自己的数据,而且还可以免费下载数据库中和自己研究方向类似甚至相同...
研究方法:下载GEO数据库中多套胃癌基因表达谱数据和临床数据,以及TCGA数据库中胃癌miRNA表达谱数据和相应临床数据,对基因和miRNA表达数据进行差异分析,筛选出差异表达的基因和miRNA.随后将TCGA数据库临床数据随机分为训练集和测试集,使用训练集数据通过Cox回归分析,LASSO回归分析等方法,筛选预后相关因子并构建预后预测模型,...
E-mail:youchg@ lzu.edu.cn基于 GEO 和 TCGA 数据库食管鳞状细胞癌预后模型构建与验证管沛文,李雪,尤崇革兰州大学第二医院检验医学中心,甘肃 兰州 730000【摘要】 目的 探讨食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织与正常组织之间的差异表达基因,构建 ESCC的预后相关模型并验证其临床应用价值。