GEO数据库是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的,提供了一个公开的平台,研究人员可以上传和下载基因表达和其他基因组数据。TCGA数据库则是由美国国立卫生研究院(NIH)和国家癌症研究所(NCI)共同发起的一个大规模项目,旨在通过系统地分析癌症患者的基因组、转录组和蛋白质组数据,揭示癌症的分子特征。GEO和TCGA都为...
确实,TCGA和GEO是目前最常用的公共数据库资源,里边的数据信息非常丰富,然而随着近几年组学数据研究迅速发展,纯生信数据库挖掘火热,该利用的数据基本都利用了,也成为好多研究的一大难题。今天,小云给大家介绍一个组学数据百科全书—NODE((National Omics Data Encyclopedia database))数据库,该数据库网址如下: https://...
TCGA数据库主要存储高通量(二代测序)数据的肿瘤样本数据;而GEO数据库收录了全球科研机构提交的高通量基因表达数据、基因芯片表达数据等,GEO也存储着芯片测序、单细胞测序数据、样本数据(不局限于肿瘤)。不过由于GEO芯片数据使用不同芯片平台,需要做ID转换、数据标准化、去批次效应后,才能进行数据分析。#科研#SCI 热榜...
通过多因素COX分析纳入6个基因(COL5A1、ALDH2、KIF20A、ADH1B、SDC1和VCAN)构建患者预后风险模型,并同时绘制列线图(图4A)。COL5A1、ALDH2、KIF20A、ADH1B、SDC1和VCAN是独立风险基因。 单因素COX回归分析和多因素COX分析结合TCGA临床信息将风险评分确定...
TCGA包括主要进行测序的基因组表征中心(genome characterization centers, GCCs)和负责测序数据分析的基因组数据分析中心(genome data analysis centers, GDACs),到目前为止TCGA共有39种癌症的相关测序数据,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文件。
从TCGA数据库下载MPM病例的临床信息和mRNA测序数据。从GEO获取GSE67487和GSE51024数据集。 结果解析 01 糖酵解通路的获取和差异基因的选择 从MSigDB共获得5个糖酵解相关通路基因集,包括BIOCARTA 糖酵解通路、GO糖酵解过程、HALLMARK糖酵解、KEGG 糖酵解糖异生、反应组糖酵解。对数据集GSE51024进行GSEA分析,发现5个...
代谢基因预后模型在生物信息学研究中的应用越来越广泛，尤其在癌症预后预测方面展现出强大的潜力。近期，生信自学网的学员普遍关注如何进行数据库之间的相互验证，特别是在使用TCGA和GEO数据库时。学员们面临的主要挑战包括从GEO数据库获取临床数据、将TCGA的风险模型公式应用于GEO数据库，以及处理TCGA和GEO数据...
基于TCGA和GEO数据库的CXCL家族相关分类预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应(CXCL family-related classification predicts prognosis and response to immunotherapy in patients with head and neck squamous cell carcinoma based on TCG...
1、基因芯片数据分析筛选胶质瘤差异基因。 2、TCGA数据库分析显示SAMSN1是GBM生存的危险因素。 3、大样本组织微阵列(TMA)分析SAMSN1在胶质瘤组织中的表达。 4、SAMSN1与TMA样本中胶质瘤疾病等级的关联。 5、SAMSN1与TMA中样本其它临床特征的关联分析。
并不是所有数据都可以下载。测序数据分为四层:level1、level2、level3、level4,其中level3和level4都是开放下载的,level1是最原始的数据,level2是做了进一步处理的,这些数据一般是不开放的,需要申请才能下载。 数据下载 原理查看这篇文章: TCGA数据库初次了解 ...