从每个部分中提取分析物(例如 TCGA-02-0001-01B-02D)并分布在一个或多个板(例如 TCGA-02-0001-01B-02D-0182)中,其中每个孔被识别为等分试样(例如 TCGA-02-0001-01B-02D-0182-06)。这些板被送到 GCC 或 GSC 进行表征和测序。要想充分理解样品barcode的编码规律,就要先从BCR处理样品的过程开始: 读取条形...
1.组织样本及其临床数据是由Tissue Source Sites(TSS)组织来源点收集的,然后送交给Biospecimen Core Resources(BCRs)生物标本核心资源。 2.BCRs提交临床数据和元数据到Data Coordinating Center(DCC)数据整理中心,并把分析物送交给Genome Characterization Center(GCCs)基因组鉴定中心和Sequencing Center(GSCs)测序中心,在...
TCGA 基因组分析中心(GCC)比对肿瘤和正常组织,寻找异常的基因重组现象。 高通量测序中心(GSC)分析与各癌症或者亚型相关的基因突变、扩增或者缺失。 资料分析中心(GDAC)进行资料的整理、汇总、并提供图表报告给全体研究团队。 资料分享 资料综合中心(DCC)集中处理各个团队产生的资料,定期公开于网络上供全世界研究人员利用...
TCGA受美国癌症研究所(National Cancer Institute)下的癌症基因组中心和美国人类基因组研究所监管。 TCGA包括主要进行测序的基因组表征中心(genome characterization centers, GCCs)和负责测序数据分析的基因组数据分析中心(genome data analysis centers, GDACs),到目前为止TCGA共有39种癌症的相关测序数据,涉及29种癌症器官...
TCGA 条形码用于将跨越 TCGA 网络的数据联系在一起,因为 ID 唯一标识了由特定数据生成中心(即 GCC、GSC 或 GDAC)生成的特定样本的一组结果。 该条码的组成部分提供了样本的元数据值。目前,BCR 正在为样品分配 TCGA 条形码和 UUID。UUID 是主要标识符。 有关 ID 转换的更多信息,请参阅 UUID。
TCGA是由多个组织机构和单位共同在支持和维护的项目,主要分为负责测序的GCCs(genome characterization centers)和负责生物信息分析的GDACs(genome data analysis centers),TCGA Data Flow 如下: TCGA第一阶段的测试项目,是以胶质母细胞瘤、肺癌和卵巢癌作为研究重点。其后的第二阶段,计划到2014年完成20-25种不同癌型的...
1.组织样本及其临床数据是由Tissue Source Sites(TSS)组织来源点收集的,然后送交给Biospecimen Core Resources(BCRs)生物标本核心资源。 2.BCRs提交临床数据和元数据到Data Coordinating Center(DCC)数据整理中心,并把分析物送交给Genome Characterization Center(GCCs)基因组鉴定中心和Sequencing Center(GSCs)测序中心,在...
TCGA主要分为负责测序的GCCs(genome characterization centers)和负责生物信息分析的GDACs(genomedata analysis centers),作为目前最大的癌症基因信息数据库,TCGA的全面不仅仅体现在众多癌症类型上,还体现在多组学数据,包括全基因组、全外显子、转录组测序数据,芯片表达数据,miRNA表达数据,拷贝数变异,甲基化数据,蛋白表达...
TCGA是由多个组织机构和单位共同在支持和维护的项目,主要分为负责测序的GCCs(genome characterization centers)和负责生物信息分析的GDACs(genome data analysis centers),TCGA Data Flow 如下: TCGA第一阶段的测试项目,是以胶质母细胞瘤、肺癌和卵巢癌作为研究重点。其后的第二阶段,计划到2014年完成20-25种不同癌型的...
(5)若从上列DNA序列的3′端起第二个C突变为G(有□标明),编码得到的氨基酸序列答:(1)TCGAGTAGCCGATGATCATCGTCGACGA(2)UCGUCGACGAUGAUCAUCGGC___ACUCGA(3)从起始密码子AUG开始编码,得到Met、Ile、Ile、Gly、Tyr、Ser(4)从起始密码子AUG开始编码,得到Met、Ile、Ile、Gly、Tyr、Arg(5)从起始密码子AUG开始...