BraTS-TCGA-GBM数据集为多形性胶质母细胞瘤(GBM)分割数据,由多模态(如T1、T1-Gd、T2、T2-FLAIR)磁共振成像(MRI)体积数据(NIfTI格式)组成。由 102 个病人数据,607 个 images 组成,其中包括四种模态以及由GLISTRboost方法分割的标签和人工核对后的标签。 BraTS-TCGA-GBM 数据集提供了多形性胶质母细胞瘤(GBM)患...
一、数据下载 首先进入TCGA下载数据GBM的RNA-seq和甲基化数据,从下表可见GBM共有172套RNA-seq数据以及437套DNA甲基化数据,由于TCGA提供Infinium HumanMethylation27 BeadChip和Infinium HumanMethylation450 BeadChip两种芯片平台的数据,为了避免后续不同芯片平台间数据合并的困难,仅下载HumanMethylation450的芯片数据,共计154...
TCGA中癌症类型的缩写 TCGA中癌症类型的缩写 一、背景介绍 TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一个旨在研究和解析人类癌症基因组的国际性合作项目。该项目整合了来自不同肿瘤类型的大规模基因组测序数据，提供了对癌症发生和发展机制的深入理解。在TCGA研究成果中，每种癌症类型都有其对应的缩写，本文将对这些缩写进行...
1.打开TCGA网站，输入需要下载的肿瘤类型 2.点击WXS后面的数字51 3.点击左上角File 4.选择WXS，Masked...
2、TCGA数据库分析显示SAMSN1是GBM生存的危险因素。 3、大样本组织微阵列(TMA)分析SAMSN1在胶质瘤组织中的表达。 4、SAMSN1与TMA样本中胶质瘤疾病等级的关联。 5、SAMSN1与TMA中样本其它临床特征的关联分析。 6、分析SAMSN1是否为GBM生存的独立危险因素。
肿瘤基因组图谱(TCGA)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于2006年联合启动的项目,研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤(GBM)到现在为止共有39种,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文件,当然其项目也将于2017年接近尾声。
我们以选择TCGA-GBM为例,直接搜索或勾选后会进入到下图结果页面,蓝色柱状图展示的为所选定项目(这里选定的是GBM,即胶质母细胞瘤)中主要突变癌症基因类型,这样当我们想研究某种癌症时,可以直观看到目前已有的研究里,跟这个癌症最有关的基因是哪些。接下来我们继续点击页面下方的TCGA-GBM。
Fully automatic GBM segmentation in the TCGA-GBM dataset: prognosis and correla- tion with VASARI features. Sci Rep 2015;5:16822 CrossRef MedlineVelazquez ER, Meier R, Dunn WD Jr, Alexander B, Wiest R, Bauer S, et al. Fully automatic GBM seg- mentation in the TCGA-GBM dataset: ...
胃肠道肿瘤(ESCA、COAD、STAD和READ)、HNSC和GBM中观察到核心DR、HR和MMR通路基因的频繁沉默。 DLBCL(淋巴肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤)和UCEC(MGMT+ALKBH3沉默分别>60%和>40%)中DR通路的频繁沉默。 SKCM(皮肤黑色素瘤)、ACC(肾上腺皮质癌...
我认为用R下载TCGA上数据是最方便的,只是其中需要明确参数设置 (比如project, workflow.type等),才能正确地下载到满足自己需求的数据。以下附上我使用的代码,用来下载TCGA上的GBM bulk RNA-seq数据。除此以外,中国脑胶质瘤基因组图谱(http://www.cgga.org.cn/downloa