数据集信息 BraTS-TCGA-GBM数据集为多形性胶质母细胞瘤(GBM)分割数据,由多模态(如T1、T1-Gd、T2、T2-FLAIR)磁共振成像(MRI)体积数据(NIfTI格式)组成。由 102 个病人数据,607 个 images 组成,其中包括四种模态以及由GLISTRboost方法分割的标签和人工核对后的标签。 BraTS-TCGA-GBM 数据集提供了多形性胶质母细...
可能是开发这个 TCGA数据库R包集大成者TCGAbiolinks 工具的团队背景是脑癌,我看它总是拿LGG和GBM举例,还专门开发一个 函数gliomaClassifier,可以根据甲基化芯片数据,比如27K,450K,850K,对一个病人进行分子分型预测,包括下面的6个分型: Mesenchymal-like Classic-like G-CIMP-high G-CIMP-low LGm6-GBM Codel 这个...
query<-GDCquery(project=c("TCGA-GBM","TCGA-LGG"),data.category="DNA Methylation",legacy=FALSE,platform=c("Illumina Human Methylation 450"),sample.type="Recurrent Tumor") 如果是需要下载其它癌症的其它类型数据,变换里面的参数即可。 有了这样的 GDCquery 函数准备好的 query 变量,就可以后续使用GDCdow...
我们以选择TCGA-GBM为例,直接搜索或勾选后会进入到下图结果页面,蓝色柱状图展示的为所选定项目(这里选定的是GBM,即胶质母细胞瘤)中主要突变癌症基因类型,这样当我们想研究某种癌症时,可以直观看到目前已有的研究里,跟这个癌症最有关的基因是哪些。接下来我们继续点击页面下方的TCGA-GBM。 会进入到Summary页面,如下。...
TCGA当中GBM当中位OS为12.6个月末,介于此从前路透社的国际标准病患的12.1个月末和国际标准病患联合替莫唑胺的14.6个月末密切关系。当中位PFI是6.1个月末,介于此从前路透社的国际标准病患5个月末和国际标准病患联合替莫唑胺的6.9个月末密切关系。显然,TCGA数据集库OS和PFI惨剧小时与文献相符。再次可知OS和PFI来作为GBM...
TCGA数据挖掘(一):TCGAbiolinks包介绍 r 语言数据库sql 肿瘤基因组图谱(TCGA)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于2006年联合启动的项目,研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤(GBM)到现在为止共有39种,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文...
此外，在TCGA和CGGA数据集中，PLOD1表达高的患者的平均生存时间明显短于低表达的患者。临床样本证实了这一结果。因此，我们旨在研究PLOD1在体外和体内对间充质GBM发育的影响及其可能的机制。研究结果：对源自患者的神经胶质瘤干细胞进行了分子实验，发现PLOD1在GBM患者的肿瘤组织和癌细胞系中表达更高，尤其是在MES中。
提供了一种颜色代码来表示在年龄和基因突变之间存在关联的癌症类型。。g热图显示GBM和LGG中与年龄相关的突变。样品按年龄分类。颜色代表突变的类型。正确的注释图例指示随年龄变化,增加或减少突变的方向。样品的突变负担显示在热图上。表1提...
当中位PFI是6.1个年底,介于此前另据的常规疗法5个年底和常规疗法联合替莫唑胺的6.9个年底当中两者之间。显然,TCGA数据集库OS和PFI血案较宽时两者之间与文献一致。再一印证OS和PFI则有为GBM底物分析的眼疾理终点站效度。 用Cox比重不确定连续性回归静态断定高期(III、IV期)相非常低期(I、II期)大肠恶连续性癌...
当中位PFI是6.1个同月,介于此同一时之间报道的标准规范化疗5个同月和标准规范化疗联合替莫唑胺的6.9个同月彼此之间。显然,TCGA原始数据源OS和PFI暴力事件不之间断与文献相反。之后便是OS和PFI来作为GBM原子研究者的医学终点站效度。 用Cox数量危险适度回归仿真未有确定高期(III、IV期)相对来说低期(I、II期)...