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肿瘤基因组图谱(TCGA)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于2006年联合启动的项目,研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤(GBM)到现在为止共有39种,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文件,当然其项目也将于2017年接近尾声。 网址:https://p...
胶质母细胞瘤(GBM)是最致命的脑肿瘤之一。,平均生存率为35.7%(1年),4.7%(5年),中位总生存率(OS)为14.6个月。在TCGA数据库中,根据全球基因表达谱,GBM最初分为四种亚型:proneural、neural、classical和mesenchy…
2、TCGA数据库分析显示SAMSN1是GBM生存预后的危险因素 从TCGA数据库中搜索GBM病例,最终获取523例具有完整的临床信息和SAMSN1表达数据的GBM病例。 根据SAMSN1表达值将样本分为高表达组(表达值≥8)和低表达组(表达值<> 通过Kaplan-Meier(对数秩检验)分析发现:SAMSN1表达和GBM的PFS/OS显著相关。其中SAMSN1低表达...
上述的选项都可以进行单独选择或者勾选多个,若不选择则默认勾选全部。如果从“Exploration”、“Repository”这两个地方进入数据筛选页,筛选项不同,但方法是一样的,这里就不再赘述。 我们以选择TCGA-GBM为例,直接搜索或勾选后会进入到下图结果页面,蓝色柱状图展示的为所选定项目(这里选定的是GBM,即胶质母细胞瘤)中...
首先进入TCGA下载数据GBM的RNA-seq和甲基化数据,从下表可见GBM共有172套RNA-seq数据以及437套DNA甲基化数据,由于TCGA提供Infinium HumanMethylation27 BeadChip和Infinium HumanMethylation450 BeadChip两种芯片平台的数据,为了避免后续不同芯片平台间数据合并的困难,仅下载HumanMethylation450的芯片数据,共计154套。
TCGA(The cancer genome atlas,癌症基因组图谱)由 National Cancer Institute(NCI,美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute(NHGRI,美国国家人类基因组研究所)于 2006 年联合启动的项目, 收录了各种人类癌症(包括亚型在内的肿瘤)的临床数据,基因组变异,mRNA表达,miRNA表达,甲基化等数据,是癌症...
在harmonized数据库中搜索复发性GBM样本的甲基化数据。从harmonized数据库获取所有包含甲基化数据和表达数据的乳腺癌患者信息。查询乳腺癌原始测序数据。对legacy数据的查询，如查询多形性胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤的DNA甲基化数据，或查询肺腺癌WGBS不同类型的文件。下载和处理功能示例：从legacy数据库下载...
用户可以从 Bioconductor 安装 TCGAbiolinks 的稳定版本，或从 GitHub 下载开发版本。查询功能包括使用 GDCquery 函数，根据参数选择查询数据类别，如 harmonized 和 legacy 数据。查询示例包括：1）在 harmonized 数据库中搜索复发性 GBM 样本的甲基化数据，结果包含13个样本信息；2）分别从 harmonized 数据库...
床数据集列表,以及要提取的变量的字符向量。 让我们来看看乳腺癌, 卵巢癌和多形性胶质母细胞瘤。 我们只是提取癌症类型 (admin.disease_code)。 1. # Create the clinical data 2. clin <> survivalTCGA(BRCA.clinical, OV.clinical, GBM.clinical, 3. extract.cols='admin.disease_code') 4. # Show the...