GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于T...
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于T...
GEPIA整合了来自TCGA和GTEx项目中的基因表达谱数据,提供了多种数据分析和可视化功能,操作简单,方便广大科研人员对肿瘤的表达谱数据进行挖掘,对应的文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下 https://academic.oup.com/nar/article/45/W1/W98/3605636 该web平台的网址如下 ...
这张图就是通过TCGA 和GTEx 数据库联合分析分析配对和非配对肿瘤样本的差异表达。需要一定的生信基础。知友如果有需要,可以私信我免费帮助分析。 咱们先看图例 Expression of MCTS1 in breast cancer and non-matched normal tissues in the TCGA and GTEx databases 再来看mehods Data Collection and Processing We ...
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区...
说明:TCGA-LUAD联合GTEx正常组织数据集分析MKI67的表达差异。 方框的上端和下端表示值的四分位数范围。方框中的线表示中值。 Wilcoxon Rank Sum Tests比较两组之间的表达量统计学差异。Description:The expression difference of MKI67 was analyzed in TCGA-LUAD combined with GTEx normal tissue dataset. The ...
首先,我们需要从TCGA和GTEx数据库中获取所需的数据。我们可以使用Python中的TCGA2STAT库来下载TCGA数据,并使用GTEX2R库来下载GTEx数据。以下是代码示例: importTCGA2STATimportGTEX2R# 下载TCGA数据TCGA2STAT.download_data(tcga_id="TCGA-XX-XXXX",output_dir="tcga_data")# 下载GTEx数据GTEX2R.download_data(...
一、TCGA+GTEx数据库联合挖掘二、Endnote正版授权安装免费送三、Endnote显示2022年SCI影响因子 一、TCGA+GTEx数据库联合挖掘 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的。比如说乳腺癌,1200个左右的转录组数据,其中11...