SCI赏图录,是将SCI中的图表一个一个摘录出来,从分析解读到消化吸收,最后实操重现运用。今天我们解读的figure如下 这张图就是通过TCGA 和GTEx 数据库联合分析分析配对和非配对肿瘤样本的差异表达。需要一定的生…
根据预设的分类合并来自 TCGA 和 GTEX 数据集的相关样本,并将其表达数据和临床数据保存以供进一步分析。 实际上就是利用 tcga 项目和患病部位的对应关系添加上相应部位的 gtex 数据,需要注意的就是在 gtex 中实际部位和标注部位不一定一致,需要自行配置对应文件,本篇中使用的配置文件均放入reference文件夹。 篇外 插...
GTEx(Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达)数据库,研究从来自449名生前健康的人类捐赠者的7000多份尸检样本,涵盖44个组织(42个不同的组织类型),包括31个实体器官组织、10个脑分区、全血、2个来自捐赠者血液和皮肤的细胞系,作者利用这些样本研究基因表达在不同组织和个体中有何差异。 数据下载直接在GTEx官网下...
P09-TCGA+GTEx联合表达分析, 视频播放量 1612、弹幕量 0、点赞数 14、投硬币枚数 3、收藏人数 18、转发人数 3, 视频作者 阿小Sen, 作者简介 ,相关视频:肿瘤、肿块必须用的一味药,P08-TCGA+GTEx数据下载整理,癌中之王胰腺癌,现在的主要任务是减轻痛苦,《癌症大爷》:活
在xena上面可以看到,TCGA和GTex、Target数据库的测序数据已经被重新计算整合到了一起,提供了各种格式的文件。 这里上游分析使用的是RSEM,而不是featurecout,导致得到的数据并不是标准的count值,是非整数。 1.RSEM 对应的差异分析包是EBSeq RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization) ...
在探讨癌症生物学特征的科学领域，TCGA和GTEx数据库的联合分析成为了揭示肿瘤差异表达的重要工具。本文将解析一张由这两大数据库共同提供的图表，以揭示乳腺癌中关键基因MCTS1的表达差异。该图表以TCGA和GTEx数据库中的乳腺癌样本与正常乳腺组织进行对比，着重展示了MCTS1基因的表达情况。在TCGA数据库中收集...
虽然,通过生信数据挖掘来发文已经持续了10年有余,但是现在势头仍然不减当年,纯生信文章甚至屡屡出现在各大顶刊。 例如,下面这篇文章,作者联合TCGA-GTEx数据库在28种肿瘤中筛选靶点,这么大的数据量把审稿人都看的眼花缭乱!最终,GSEA、免疫浸润、预后分析等这些常规的生信分析方法也因庞大的工作量换来了27分+的文章...
这一情况限制了研究中对正常组织与肿瘤组织之间差异的深入分析。为了解决这一问题，我们可以通过结合GTEx数据库的数据来进行研究，以增加正常组织样本的量。GTEx数据库是一个广泛收集了来自449名健康人类捐赠者的7000多份尸检样本的数据集，涵盖了44种不同组织类型，包括31个实体器官组织、10个脑分区、全血...
一、TCGA+GTEx数据库联合挖掘二、Endnote正版授权安装免费送三、Endnote显示2022年SCI影响因子 一、TCGA+GTEx数据库联合挖掘 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的。比如说乳腺癌,1200个左右的转录组数据,其中11...
说明:TCGA-LUAD联合GTEx正常组织数据集分析MKI67的表达差异。 方框的上端和下端表示值的四分位数范围。方框中的线表示中值。 Wilcoxon Rank Sum Tests比较两组之间的表达量统计学差异。Description:The expression difference of MKI67 was analyzed in TCGA-LUAD combined with GTEx normal tissue dataset. The ...