GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于...
SCI赏图录,是将SCI中的图表一个一个摘录出来,从分析解读到消化吸收,最后实操重现运用。今天我们解读的figure如下 这张图就是通过TCGA 和GTEx 数据库联合分析分析配对和非配对肿瘤样本的差异表达。需要一定的生…
图示:基因在肿瘤与正常组表达差异(TCGA联合GTEx分析)Figure:Differential gene expression between the tumor/normal group (TCGA-GTEx)说明:TCGA-LUAD联合GTEx正常组织数据集分析MKI67的表达差异。 方框的上端和下端表示值的四分位数范围。方框中的线表示中值。 Wilcoxon Rank Sum Tests比较两组之间的表达量统计学...
通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果,比如说乳腺癌吧,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。 这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量,既然TCGA数据库没...
通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果,比如说乳腺癌吧,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。 这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量,既然TCGA数据库没...
从而影响基因的转录表达。利用GTEx数据集，结合R编程进行数据分析与可视化，研究人员能够生成基因表达谱数据，为理解基因与疾病之间的联系提供了宝贵信息。通过TCGA和GTEx数据库的联合分析，科学家能够更深入地揭示基因在疾病发展中的作用，为潜在的治疗靶点和个性化医疗策略的开发提供科学依据。
一、TCGA+GTEx数据库联合挖掘二、Endnote正版授权安装免费送三、Endnote显示2022年SCI影响因子 一、TCGA+GTEx数据库联合挖掘 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的。比如说乳腺癌,1200个左右的转录组数据,其中11...
📚 TCGA数据库:主要专注于癌症研究,提供了大量的肿瘤数据。对于大多数癌症,TCGA都有肿瘤和正常组的完整数据。但对于一些特殊疾病,可能只保存了肿瘤分组数据。📊 GTEx数据库:专注于正常组织的研究,提供了大量正常组织的基因表达数据。如果你在TCGA数据库中找不到你需要的正常组数据,不妨试试GTEx数据库。
🔍 这时,就需要另一个数据库来补充:GTEx数据库。GTEx数据库可以为那些在TCGA数据库中找不到正常组织数据的小伙伴们提供帮助。将TCGA和GTEx数据库结合起来使用,简直是完美组合!📚 所以,当你在使用TCGA数据库时,如果发现缺少正常组数据,不妨试试GTEx数据库,它能为你的研究提供重要的补充信息。