R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据
body_site molecular_data_~ sex Group 2 GTEX-R55G-~ 3 Thyroid RNA Seq (NGS) fema~ ELI 4 GTEX- 浏览2提问于2020-06-10得票数 0 回答已采纳 1回答 R中随机子集行的判据 、、 我正在尝试根据列值之一将dataframe子集为较小的数据帧,如下所示()2 SRX615964 SRS644174 GTEXSeq (NGS) male NIT 111...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
TCGA的clinical文件都是“.xml”结尾的文件,所以这个要用R包处理一下。RNAseq文件都是“.counts”文件,这个文件好像和“.txt”没什么区别,我点进去看了就是两列数据,分别为ensembl编号(gene名)和counts数。正常的话,我们RNAseq matrix,行名为样本编号,列名为基因名(后期还要把ensembl名换为symbol基因名),这里我...
参考资料: 1.TCGA数据库悄咪咪更新了—RNAseq没有HTSeq-Counts了 | 2.R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据 | 3.零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据 | 4.合并新版TCGA表达矩阵R代码叒更新了—基因名字也给你提出来 | 5.R代码TCGA差异表达分析
从癌症基因组图谱中提取原发性肺癌的RNA-Seq数据。通常,在单变量存活分析中筛选和分析癌症样品中改变的lncRNA以鉴定预后lncRNA。产生基于基于可能性的生存模型并且进行1000次随机取样迭代以计算特征关键lncRNA的频率。这些lncRNA的聚类和多变量存活分析用于评估它们的功能和对预后的影响。最后,验证了最优聚类模型的稳定...
iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库 不过是对于SNP和DNA甲基化,都有许多独立的数据库存储和整理相关信息,但是却缺乏公开的整合了SNP和DNA甲基化等多组学数据的数据库。...从近100名志愿者中提取3种类型的细胞,并分别进行WGS, WGBS,RNA_seq测序分析,将最终的数据存储到iMETHYL 数据库...
首先定义项目的id,本例为STAD,接着是数据的类型,我们可以下载RNAseq也可以下载miRNAseq,这里我们选择RNAseq数据下载,在method参数我们可以看到我们选择的是gdc-client,代表的就是借助该工具进行的数据下载,这个时候,如果你还记得我们的第一个官网下载的工具,那就明白了该工具的作用了。
RNA-seq和ChIP-seq还有另外一种整合方式——BETA,同样出自Cistome。 小美女介绍CistromeCancer的功能和用法的视频。 用TCGA的RNA-seq算出表达相关性高(包括正负相关)的基因,用ChIP-seq找TF结合在哪些基因附近,综合考虑以上两条证据,准确预测靶基因。 功能一:点击进入Cancer Transciption Factor Targets,搜索转录因子的...