TCGA数据库中RNA-Seq数据类型解析:HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ 现在常用的基因定量方法包括:R… smile...发表于生信数据分... TCGA RNAseq数据分析流程 一、Introduction 介绍 TCGA mRNA定量分析流程测量HT-Seq 原始reads...
TCGA数据库中RNA-Seq数据类型解析:HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ 现在常用的基因定量方法包括:R… smile...发表于生信数据分... 新版TCGA中RNAseq数据基因名居然有重复?! 生信交流平...发表于TCGA TCGA RNAseq数据分析流...
2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合...
页面的整体风格没有太大变化,只是多了一个RNAseq expression Type参数,专门应对新版TCGA中的RNAseq表达谱数据,根据需要选择相应的RNAseq表达谱类型,默认为STARcounts。 我们就以RNAseq中的STARcounts为例来讲解这个工具的使用,其他的大家可以自己play with it. 4. 准备RNAseq的sample sheet和下载每个样本的counts文件 ...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.go...
☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据 ☞零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据 有小伙伴反馈,合并得到的矩阵里面只有ensembl gene ID,没有基因名字,不方便后续数据分析。 其实小编前面也给大家介绍过☞【R语言】基因ID转换,所以将ensembl gene ID转换成gene symbol也是分分钟的事情。
小编发现我们经常使用的TCGA数据库,大概在2022年4月初进行了更新。以前RNAseq数据使用的是Htseq-counts,新版本中使用了STAR-counts。在上一期中...
新版TCGA 数据的下载(2024年2月) 1.9万 -- 15:42 App 工具分享:TCGA转录组数据合并+基因差异表达分析+火山图绘制 1.2万 7 24:26 App 3. TCGA RNA-seq数据的下载和整理 2.8万 21 5:11:28 App 开启数据挖掘之门:GEO、TCGA数据库入门必看! 1370 2 6:08 App TCGA数据下载和整理,代码原文中有 770...
一、数据下载 首先进入TCGA下载数据GBM的RNA-seq和甲基化数据,从下表可见GBM共有172套RNA-seq数据以及437套DNA甲基化数据,由于TCGA提供Infinium HumanMethylation27 BeadChip和Infinium HumanMethylation450 BeadChip两种芯片平台的数据,为了避免后续不同芯片平台间数据合并的困难,仅下载HumanMethylation450的芯片数据,共计154...