首先将reads与GRCh38 reference genome 参考基因组比对,然后通过量化比对的reads产生这些值。为了促进样品间归一化,所有RNA-Seq读数在分析过程中都被视为unstranded的状态. 二、数据处理步骤 1. RNA-Seq 比对流程 以Alignment Workflow 开始比对的流程, 该流程使用STAR 中重复比对方法执行. STAR 分别比对每个 read gro...
common <- intersect(names(model.RNA$w), rownames(exp)) X <- exp[common, ] w <- model.RNA$w[common] 对于RNA表达数据,使用spearman计算权重与表达值之间的相关性来衡量样本的干性指数,并进行标准化使其落在[0,1]之间 score <- apply(X, 2, function(z) {cor(z, w, method="sp", use="co...
TCGA数据分析系列(一:数据下载清洗) 废话不多说,直接上干货。 一、确定肿瘤代码 TCGA涵盖30多种癌症,9000多个病人,数据库里的癌症名称是缩写的... 基因组学研究生阅读766评论1赞0 如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据 前面给大家介绍了新版的TCGA数据库,通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据,...
下载Clinicai和RNA-seq数据 ➀进入https://portal.gdc.cancer.gov网站➙搜索胃癌数据(TCGA-STAD),RNA-seq数据选择HTSeq-FPKM(Counts是未经处理的原始表达量,而FPKM和FPKM-UQ是两种处理方法得到的数据)➙将文件加入Cart。 ➁点击Cart➙页面跳转到如下图所示的界面。点击Download➙选择Manifest即为下载引导文件...
最近发现,TCGA的RNAseq数据好像更新了。应该就是在2022年4月初这几天发生的事情。我们来看看具体有那些差别。我们还是以CHOL这套数据为例,来讲解一下如何下载和处理新版TCGA中的RNAseq数据。miRNA的数据并没有变化。 1.打开TCGA官网https://portal.gdc.cancer.gov/。在搜索框输入chol,选择第一个PR(project),TCGA...
二、数据处理步骤 1. RNA-Seq 比对流程 以Alignment Workflow 开始比对的流程, 该流程使用STAR 中重复比对方法执行. STAR 分别比对每个 read group 然后将得到的比对文件合并为一个。按照国际癌症基因组协会 ICGC ( github) 使用的方法, the two-pass method 包含剪接点检测步骤,其用于产生最终比对。此工作流程输出...
TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据01 本篇为第一部分,主要记录重要资源地址以及TCGA数据的下载方式。名词及资源TCGA (The Cancer Genome Atlas):人类癌症基因组图谱,数据库,主要用来收集癌症病人癌组织及癌旁正常组织标本以及极少量正常人相应组织的对照标本(并非每种癌都有),通过多种高通量方法,获取DNA、RNA乃至...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。
TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后,RNAseq的数据格式发生了很大变化,给我们广大的科研工作者带来了极大的不便。小编也是在第一时间给大家展示了TCGA数据库的变化,用图文的方式详细介绍了新版TCGA数据库RNAseq数据下载方法。 ☞TCGA数据库悄咪咪更新了—RNAseq没有HTSeq-Counts了 ...