gff_1.png 用circle gene view进行可视化 view.png 然后就会得到以下的图 view2.png 调整调整参数 颜色,得到以下图像 view3.png ... 大致的步骤就是这样,但是我们要看特定基因的共线性,那么只需要将circle gene view中的set input gene ID list改改成特定的gene文本就行 但是我们得到的gene list是这样的,这个...
也可以选择性展示 circle gene view.300dpi.jpg 4不同物种之间的共线性分析 分析菠萝与水稻之间的共线性区块 需要菠萝的所有蛋白序列比对到水稻的所有蛋白序列 两个基因组的所有基因的位置关系 按前述步骤分别得到水稻的CDS和protein,方法不再赘述 这里需要说明的是,视频中CDS的总序列数为66338,我下载了几个水稻品...
基因的染色体定位分析利用tbtools的Gene Location Visualize From GTF/GFF工具,对染色体进行位置的绘制,这种是棒状的染色体图。 若想要圈图的展示形式,可以选择Circle Gene View。 用circlize包绘制circos-plot ://github.com/jokergoo)。这个包有两个文档,一个是介绍基本原理的绘制简单圈圈图的,也是本次要介绍的。另...
利用tbtools的Gene Location Visualize From GTF/GFF工具,对染色体进行位置的绘制,这种是棒状的染色体图。 若想要圈图的展示形式,可以选择Circle Gene View。
用circle gene view进行可视化 然后就会得到以下的图 ...大致的步骤就是这样，但是我们要看特定基因的共线性，那么只需要将circle gene view中的set input gene ID list改改成特定的gene文本就行 但是我们得到的gene list是这样的，这个gene list就是要看这些特定基因的共线性 但是links文件中是这样的 ...
circle gene view.300dpi.jpg 4不同物种之间的共线性分析 分析菠萝与水稻之间的共线性区块 需要菠萝的所有蛋白序列比对到水稻的所有蛋白序列 两个基因组的所有基因的位置关系 按前述步骤分别得到水稻的CDS和protein,方法不再赘述 这里需要说明的是,视频中CDS的总序列数为66338,我下载了几个水稻品种包括reference geo...
circle gene view.300dpi.jpg 4不同物种之间的共线性分析 分析菠萝与水稻之间的共线性区块 需要菠萝的所有蛋白序列比对到水稻的所有蛋白序列 两个基因组的所有基因的位置关系 按前述步骤分别得到水稻的CDS和protein,方法不再赘述 这里需要说明的是,视频中CDS的总序列数为66338,我下载了几个水稻品种包括reference geo...