其中一个模块是Gene Structure View,它可以用于可视化基因结构。 要使用TBtools的Gene Structure View模块,你需要按照以下步骤操作: 1.安装TBtools:首先,确保你已经安装了Python,并使用pip命令安装了TBtools。你可以在TBtools的GitHub页面找到安装说明和文档。 2.准备数据:将你感兴趣的基因的注释文件(例如GFF3或GTF格式)...
2.8.1 使用ID和基因组注释文件绘制 使用TBtools直接操作,依次点击:Gene Structure View 结果如图所示: 2.8.2 提取目的基因的注释文件(推荐) 我们会发现,输入ID处也是可以输入进化树文件信息。因此,我们推荐直接提取获得目的基因的注释文件信息,单独使用GTF文件信息或是GFF信息进行绘制。 获得GFF注释信息 使用已有的目的...
可视化进化树 “Gene Structure View (Advanced)”以前的名字是“Amazing Optional Gene View”,其中最重要的是 Optional,表示这个功能非常灵活。用户可以只单独可视化某一个部分。比如只可视化进化树。 当然,更多时候,大家会希望和 MEME 图一起可视化。 image.png 可视化基因结构 在TBtools 中可视化基因结构,**用户只...
可视化进化树 “Gene Structure View (Advanced)”以前的名字是“Amazing Optional Gene View”,其中最重要的是 Optional,表示这个功能非常灵活。用户可以只单独可视化某一个部分。比如只可视化进化树。 当然,更多时候,大家会希望和 MEME 图一起可视化。 可视化基因结构 在TBtools 中可视化基因结构,用户只需要直接下载物种...
TBtools中 Gene Structure View (Advanced), 共输入4个文件,从上到下,第一个进化树的.nwk格式文件,第二个MEME结果文件.xml格式,第三个基因组注释文件。gff格式,第四个Batch-CDD结果文件(这个需要手动修改,第一列基因名,第二列,起始位置,第三列终止位置,第四列蛋白质结构域)。
“Gene Structure View (Advanced)”以前的名字是“Amazing Optional Gene View”,其中最重要的是 Optional,表示这个功能非常灵活。用户可以只单独可视化某一个部分。比如只可视化进化树。 当然,更多时候,大家会希望和 MEME 图一起可视化。 可视化基因结构
TBtools中 Gene Structure View (Advanced), 共输入4个文件,从上到下,第一个进化树的.nwk格式文件,第二个MEME结果文件.xml格式,第三个基因组注释文件。gff格式,第四个Batch-CDD结果文件(这个需要手动修改,第一列基因名,第二列,起始位置,第三列终止位置,第四列蛋白质结构域)。
首先，TBtools 的“Gene Structure View (Advanced)”功能，让用户可以自由地选择显示基因结构中的某一部分，如进化树、启动子、基因结构、启动子信息以及结构域信息等，为用户提供灵活的展示方式。在可视化 MEME/MAST XML 结果方面，用户可以将蛋白序列提交至 MEME Suite 网站或使用 TBtools 的 GUI Wrapper...
打开TBtools中的Gene Structure View,只需上传MEME中的XML文件即可,上传上去直接点击Start。 -- 操作: 结果: 保存!! 注意:我们这里保存的时候最好保存为PDF或SVG格式,输出为矢量图。 如果我们的教程只是到这里,那么就没有什么意义了。因为,类似非常优秀和详细的教程很多。绘制出图形是一方面、美化可是重头戏。
TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能,其中最为独特的 莫过于Gene Structure View (Advanced) 几乎覆盖了基因motifs,exon-intron结构,保守结构域的所有可视化需求。 但是,在实际数据分析过程中,往往还可能存在另外的问题。 左图为Motifs,右图为保守结构域,那么问题来了。