打开TBtools中的Visualize NCBI CDD DOmainPattern 输入结果文件和fa文件 根据自己的需求进行调整即可。 输出文件。 2.6 进化树分析 进化树分析,在基因家族中是必须的,以及在很多图中都是需要的。进化树分析和绘制,也有很多教程,参考iqtree+ggtree绘制进化树教程、或是你也可以使用MEGA来做分析。 2.6.1 iqtree+ggtree...
7.基因结构分析 TBtools中 Visualize Gene Structure完成, 基因组注释gff文件和P450基因名。 得到基因结构的结果。 8.基因家族进化分析 接下来通过MEGA构建一个简单的基因树,输入数据为目标物种P450基因家族的蛋白质序列。 先进行多序列比对,用MUSCLE默认参数。 将比对好的结果保存为.meg格式。 重新打开比对后的文件,...
7.基因结构分析 TBtools中 Visualize Gene Structure完成, 基因组注释gff文件和P450基因名。[图片上传失败...(image-ca7bc4-1690456092704)] 640.png 640.png 得到基因结构的结果。 8.基因家族进化分析 接下来通过MEGA构建一个简单的基因树,输入数据为目标物种P450基因家族的蛋白质序列。 640.png 先进行多序列比对...
结果文件: 打开TBtools中的Visualize NCBI CDD DOmainPattern 输入结果文件和fa文件 根据自己的需求进行调整即可。 输出文件。 2.6 进化树分析 进化树分析,在基因家族中是必须的,以及在很多图中都是需要的。进化树分析和绘制,也有很多教程,参考iqtree+ggtree绘制进化树教程、或是你也可以使用MEGA来做分析。 2.6.1 iq...
基因结构分析则通过TBtools的Visualize Gene Structure插件完成，需要输入基因组注释的GFF文件和P450基因名，从而生成详细的基因结构图。最后，基因家族的进化分析通过MEGA构建进化树，输入目标物种P450基因家族的蛋白质序列，进行多序列比对，然后使用最大似然法构建进化树。所有结果在TBtools中展示，包括进化树、...
我分析的基因家族有94个基因,用Tbtools单独分析motif pattern(Visualize MEME/MAST Motif pattern)时是正常的,有94个。但是我想把motif图和发育树一起整合(Gene structure view Advanced)时,motif条带只有89个了。为啥啊和发育树都对不上 送TA礼物 来自Android客户端1楼2023-02-17 12:32回复 ...
It includes a large collection of functions, which may facilitate much simple, routine but elaborate work on biological data, such as bulk sequence extraction, gene set enrichment analysis, Venn diagram preparation, heatmap illustration, comparative sequence visualization, etc....
5. When BLAST process is finished, user can click the “Visualize” button to invoke TBtools BLAST result visualization functions (Only valid for XML outfmt). *. Optional. Detailed parameters could be changed on the top-right panel and the “Other Options”. Most of the time, keep it as ...
5. When BLAST process is finished, user can click the “Visualize” button to invoke TBtools BLAST result visualization functions (Only valid for XML outfmt). *. Optional. Detailed parameters could be changed on the top-right panel and the “Other Options”. Most of the time, keep it as ...
打开TBtools中的Visualize NCBI CDD DOmainPattern 输入结果文件和fa文件 根据自己的需求进行调整即可。 输出文件。 2.6进化树分析 进化树分析,在基因家族中是必须的,以及在很多图中都是需要的。进化树分析和绘制,也有很多教程,参考iqtree+ggtree绘制进化树教程、或是你也可以使用MEGA来做分析。