SPATAC-seq,并用此技术对斑马鱼胚胎4 hpf至72 hpf内20个连续发育时期的80多万个单细胞进行测序,绘制了斑马鱼胚胎发育染色质可及性图谱ZEPA(Zebrafish Embryogenesis single-cell oPen chromatin Atlas),系统性地重构出发育过程中604种细胞状...
通过现成试剂和基因组实验室常用仪器的使用,如标准热循环仪和台式NGS测序器,确保了 TAC-seq的成本效益。TAC-seq的运行成本仅为一般NGS应用的一小部分,如NIPT的全基因组测序或 mRNA和miRNA分析的RNA-seq。TAC-seq的建立成本取决于由于需要特定的检测器寡核苷酸而研究的 位点数目(补充图)。10)补充表2列出了消耗品及...
图1 SPATAC-seq原理与验证 SPATAC-seq验证 为验证SPATAC-seq的保真度,作者将人K562和小鼠Hepa细胞混合后进行实验,结果表明SPATAC-seq信号在转录起始区域(TSS)显示强富集,片段分布显示典型的核小体相位模式(图1b),与之前研究结果一致(图1c-e)。与现有scATAC-seq技术对比发现,SPATAC-seq在独特片段数量、TSS富集分...
低成本SPATAC-seq技术并绘制斑马鱼早期胚胎发育染色质可及性图谱),绘制了小鼠器官形成阶段的单细胞染色质可及性图谱MOPA(Mouse Embryogenesis single-cell oPen chromatin Atlas),揭示了器官形成过程中的关键基因与调控位点,并阐述了小鼠在...
② 科学家们利用SPATAC-seq,跨越了从球状期到早期幼虫口突期的20个关键发育阶段,深入剖析了超过80万个单个细胞核的染色质状态。这一壮举不仅揭示了斑马鱼胚胎发育过程中染色质可及性的动态变化,更为我们理解细胞类型特异性及其功能提供了宝贵的线索。通过精细的数据分析,研究团队成功识别了604种独特的细胞状态,并构建...
1.tac 方向输出文件,最后一行放在第一行的位置输出 2.diff 比较文件的内容 vimdiff:在vim中比较 3. tree 树状图显示目录内容 -d 只显示目录 -L 树状 目录最大显示深度 -c 只显示颜色 4. echo 输出字符串;查看变量内容 -n 不输出行尾的换行符 -e 识别\
目前，在斑马鱼胚胎发育过程中，决定每个细胞类型独特身份和功能的调控程序的动态可及元件缺乏详细的研究。在这里，研究人员提出了SPATAC-seq：一种基于分裂池连接的检测方法，用于转座酶可及的染色质测序。该研究利用SPATAC-seq，分析了80多万个细胞核在20个发育阶段的染色质可及性，从球体期到早期幼鱼时期。利用这张...
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Currently, the dynamic accessible elements that determine regulatory programs responsible for the unique identity and function of each cell type during zebrafish embryogenesis lack detailed study. Here we present SPATAC-seq: a split-pool ligation-based assay for transposase-accessible chromatin using ...
The TacMed™ Assault Medic Bag (AMED) is ideally suited to work as an assault aid-bag, vehicle bag, or combat lifesaver bag. The AMED can be worn as a backpack, hung as a panel, or slung over a shoulder like a messen...