完整Mo17基因组代表着在理解高等植物基因组高度不可逆重复区域的复杂性方面迈出了重要的一步。图1 Mo17 T2T基因组组装（Nat Genet. 2023 Jul;55(7):1221-1231）巨菌草(Cenchrus fungigraminus)是栽培植物中生物量产量最高的生物，可用于蘑菇栽培、动物饲料和生物燃料生产。该研究报告了巨菌草几乎完整的基因组组装...
植物T2T基因组的发展现状 目前植物 T2T 基因组的研究现状呈现出多方面的积极进展。在研究成果方面,众多植物物种的 T2T 基因组已成功构建,如水稻、玉米、香蕉和西瓜等,涵盖了大田作物和经济作物等不同类型植物,为这些植物的后续研究和育种工作提供了重要的基础资源(表1)。 表1 部分植物物种中完整或近乎无间隙组装的...
T2T基因组是指有一条或者多条染色体达到端粒到端粒(Telomere-to-Telomere)水平的基因组,T2T基因组完成图是基因组组装的终极目标。ONT超长序列(N50大于100Kb)可实现T2T基因组的组装,结合HiFi和二代数据,能够得到高质量的T2T基因组。 人类及多个物...
在植物基因组学领域，陆续发表了多个重要的模式物种如拟南芥、水稻等的T2T基因组（图1）。迄今为止，已发表的有关植物T2T基因组的文章已有几十篇，并且仍在迅速增长，T2T基因组已经成为基因组学研究的重要基础。图1 代表性植物T2T基因组及应用 Figure 1 Representative plant T2T genomes and their applications T2T...
自2020年NIH的Adam Phillippy和UC Santa Cruz的Karen Miga组织了一个国际团队(Telomere-to-Telomere (T2T) consortium)利用长读长测序技术(Oxford Nanopore and PacBio sequencing)完成了第一个人类完整的X染色体端粒到端粒(T2T)的测序,自此T2T基因组开始进入大家视野。截至目前T2T基因组研究涉及的物种有动物(人类、家...
针对HiFi数据和超长ONT数据开发的Hifiasm和Verkko等软件,都表现出了良好的T2T基因组的组装能力。本综述回顾了代表性植物水稻、拟南芥、大豆(Glycine max)T2T基因组的组装方法,并总结了T2T基因组的组装策略,大致可以分为三种(图2):(1)使用HiFi数据组装的contig作为骨架,生成带有缺口的基因组,同时对ONT数据进行组装矫正,...
该研究开发了一款名为quarTeT的T2T基因组组装与端粒/着丝粒鉴定工具包,包含AssemblyMapper、GapFiller、TeloExplorer和CentroMiner四个子工具。 1. AssemblyMapper:基于参考基因组将重叠群(contigs)挂载到染色体水平的工具。 2. GapFiller:利用长读长序列(lo...
T2T基因组不仅可以为群体遗传研究、基因功能定位提供最全面的参考基因组信息，还可以对着丝粒与端粒区域进行结构与功能分析。着丝粒是真核生物染色体的重要结构，在细胞分裂中起着不可或缺的作用。着丝粒功能障碍常导致细胞分裂过程中染色体分离不正确，从而影响生长发育。檀香（Santalum album），是檀香科、檀香属植物，原...
T2T基因组是指涵盖从转录组到翻译组全过程的基因组学研究。它关注的是基因表达的各个阶段,包括RNA的合成、加工、定位、翻译效率以及最终的降解。T2T基因组学的目标是理解基因如何被转录成RNA,这些RNA分子如何在细胞内被处理和运输,以及它们如何被翻译成蛋白质,并最终参与细胞功能。 三、T2T基因组的组成 T2T基因组的...
康普森基因组组装服务包括染色体级别基因组组装、T2T基因组组装、动植物(泛)基因组研究,拥有丰富的项目方案设计及分析经验,涵盖家禽、家畜、粮食作物、园艺作物、花卉林木、水产等多样性物种,将为科研工作者提供全面的三代测序、(泛)基因组和T2T基因组组装专业技术服务。 康普森T2T基因组测序策略 康普森T2T基因组组装策...