之所以基因组组装到T2T水平比较困难，主要是两方面的原因，一是基因组中着丝粒和端粒区域、近期片段重复、扩增基因阵列和核糖体DNA（rDNA）序列等存在高度重复区域，如水稻[2]中着丝粒含数万个155bp左右的卫星重复序列，拟南芥[3]每条染色体着丝粒含有12000-15000个178bp的串联重复，CHM13[1]基因组中含200个45k长的rDN...
之所以基因组组装到T2T水平比较困难,主要是两方面的原因,一是基因组中着丝粒和端粒区域、近期片段重复、扩增基因阵列和核糖体DNA(rDNA)序列等存在高度重复区域,如水稻[2]中着丝粒含数万个155bp左右的卫星重复序列,拟南芥[3]每条染色体着丝粒含有12000-15000个178bp的串联重复,CHM13[1]基因组中含200个45k长的rDNA,香...
4月22日，顶级生物信息学家李恒教授在Nature Review Genetics（IF=42.69）发表了题为“Genome assembly in the telomere-to-telomere era”的综述论文，该综述详细总结了目前T2T组装的发展过程，重点讨论了如何获得接近端粒到端粒的组装，并展望了解决剩余组装间隙和组装非二倍体基因组所需的技术和算法进步。图1 文...
该研究开发了一款名为quarTeT的T2T基因组组装与端粒/着丝粒鉴定工具包,包含AssemblyMapper、GapFiller、TeloExplorer和CentroMiner四个子工具。 1. AssemblyMapper:基于参考基因组将重叠群(contigs)挂载到染色体水平的工具。 2. GapFiller:利用长读长序列(lo...
然而，所有可用的高粱基因组仍然不完整，特别是未解析的着丝粒和端粒，限制了对高粱基因库中基因组景观的全面了解。结 果 高粱T2T基因组组装 在本研究中，我们利用ONT的超长reads、Pacbio的高保真（HiFi）reads、Hi-C reads和Illumina reads来组装两个高粱BTx623和Ji2055的基因组完整序列。BTx623长期作为高粱基因组学...
康普森基因组组装服务包括染色体级别基因组组装、T2T基因组组装、动植物(泛)基因组研究,拥有丰富的项目方案设计及分析经验,涵盖家禽、家畜、粮食作物、园艺作物、花卉林木、水产等多样性物种,将为科研工作者提供全面的三代测序、(泛)基因组和T2T基因组组装专业技术服务。
近T2T基因组组装 对于纯合基因组,近T2T组装的最可靠解决方案同时使用 PacBio HiFi reads 和 ONT 超长读长。一般先用 HiFi reads 来构建一个初始组装图,再用超长填补间隙。 近T2T基因组组装策略。a,组装单倍体或纯合基因组。在纠正准确长读长的测序错误后,将无差错读数组装成初始组装图,其中粗箭头表示序列,细线...
我们的 T2T 基因组的所有着丝粒区域都包含高粱着丝粒特异性重复元件PSau3A10和pSau3A9(图S5,图S6)。总的来说,这些证据支持了我们 T2T 基因组组装的准确性和完整性。 这两个T2T基因组具有完整的基因组序列以及所有10条染色体的完整着丝粒和端粒,较先前参考基因组先前版本的显著改进(表S4,表S5)。基因组注释显示重复...
本文将详细介绍t2t基因组组装的流程和关键步骤。 一、数据准备 在进行t2t基因组组装前,首先需要准备转录组测序数据和高通量测序数据。转录组测序数据可通过RNA-seq技术获得,而高通量测序数据则可以通过Illumina HiSeq、PacBio SMRT或Oxford Nanopore等技术获得。这些数据将为后续的基因组组装提供重要的信息和支持。 二、...
近日，中国农业科学院郑州果树研究所甜瓜遗传育种与栽培团队联合国内有关科研院校对半野生型甜瓜“821”进行了高质量T2T基因组组装，为揭示甜瓜抗性相关基因和品质改良提供了重要遗传资源。相关研究成果发表在英文学术期刊《园艺研究》上。甜瓜是一种重要的园艺经济作物，多样性丰富。长期的人工选育致其一些相关性状基因丢失...