t-SNE和UMAP大部分的表现非常相似,但以下示例明显例外:宽而稀疏的cluster中有密集的cluster(如下图所示)。UMAP无法分离两个嵌套的群集,尤其是在维数较高时。 UMAP在初始图形构造中局部距离的使用可以解释该算法无法处理情况的原因。由于高维点之间的距离趋于非常相似(维数的诅咒),所以可能会因此将其混合在一起。
UMAP顺势函数使用的是二元交叉熵,对低维近高维远或低维远高维近的惩罚都较重,所以UMAP比t-SNE更能体现真实的全局结构 2. 局部结构 t-SNE的局部结构更加紧密 t-SNE在拟合高维数据时使用高斯分布转换成概率,低维数据则使用t分布转换概率,这会是高维距离近的点在低维空间中更近,反之更远 UMAP设置了min_dist,在...
UMAP – 比t-SNE更快PacMAP – 比UMAP更快，并且更好地保留高维数据的局部和全局结构t-SNE – 保留局部结构 关于参数和不同使用示例的详细技术说明，请参见Aivia Wiki。UMAP UMAP（统一流形近似与投影）是一种现代降维技术，主要用于高维数据集的可视化。它的用途与t-SNE相似，但通常速度更快且能够处理更大的数...
基于t分布邻域嵌入(TSNE)的分类数据降维可视化,T-SNE分类数据降维可视化,matlab代码。 MATLAB机器学习深度学习 768 0 主成分分析图(PCA)解析-让主成分分析更加通俗易懂 想看雪的瓜 10.6万 155 R语言保姆级教程/UMAP的两种包 R语言分析作图 1396 0 Tsne 、 Mds 、 Pca三种降维方 小云爱生信 435 1 展开...
https://www.youtube.com/watch?v=o_cAOa5fMhE 更多:http://v.dltheapk.com/item/10057 描述:在这段视频中,您将学习关于数据降维的三种常用方法:PCA, t-SNE 和 UMAP。当您想要可视化自动编码器的潜空间时,这些方法特别有用。如果您想了解更多有关这些技术的信息,以下是一些关键论文链接:- UMAP:Uniform ...
数据降维方法:PCA,t-SNE,UMAP|动画讲,于2024年10月29日上线。西瓜视频为您提供高清视频,画面清晰、播放流畅,看丰富、高质量视频就上西瓜视频。
不同版本t-SNE算法处理同一个4千万细胞数据结果比较opt-SNE具有更高的分辨率 2. UMAP UMAP是McInnes等人提出的一种新技术,虽然UMAP和t-SNE产生的输出结果有些相似,但有明显的运算速度的提高,以及更好地在强调局部结构与全局结构之间取得平衡,相对展示方式也更易理解。
1. 简单比较UMAP与t-SNE 下图是UMAP和t-SNE对一套784维Fashion MNIST高维数据集降维到3维的效果的比较。高清3D图参见:https://pair-code.github.io/understanding-umap/ 虽然这两种算法都表现出强大的局部聚类并将相似的类别分组在一起,但UMAP害将这些相似类别的分组彼此分开。另外,UMAP降维用了4分钟,而多核t-...
UMAP 结构与t-SNE一致 UMAP 计算更快 UMAP 能更好地反映高纬结构,比t-SNE有着更好的连续性 这种连续性反映到单细胞分析中就是能更好滴可视化细胞的分化状态(UMAP better represents the multi-branched continuous trajectory of hematopoietic development) ...