解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插入,而C型和F型不一致阅读用于鉴定插入,但不鉴...
T-DNA插入位点的获得对于植物功能基因组学研究及转基因植物的筛选鉴定十分重要。检测T-DNA在基因组上的插入位点,通常使用热不对称交错PCR(Thermal Asymmetric Interlaced PCR,简称TAIL-PCR),TAIL-PCR是一种用来分离与已知序列邻近的未知DNA序列的分子生物学技术 (Liu et al.,1995, Tatjana Singer et al.,2003)。
1、提取DNA二代测序,PE150,深度10X以上(太低可能检测不到)。 2、过滤reads得到cleandata。 3、创建样本名文件samplename.txt,一个名字一行。 4、运行脚本 #!/bin/bash #载体序列作为参考基因组,建索引 bwa index TDNA.fa samtools faidx TDNA.fa
如果序列已知,那么在找个基础上可以先按照未知序列信息的策略组装,只不过可以分别对T-DNA插入和参考基因组分别BLAST, 于是可以找到一个覆盖插入位点的contig。或者将这条插入序列加入参考序列中,从比对结果中过滤处配对的两个reads中,一个比对到原来的参考序列,一个比对到插入序列的结果。
(https://github.com/xukaili/T-DNA_Insertion_Identify) 是利用重测序技术鉴定 T-DNA 插入位点的代码流程。 T-DNA 插入位点的信息对于功能基因组学研究及转基因植物的筛选鉴定非常重要。但是目前常用的方法如反向 PCR、半随机引物 PCR 等,除了操作复杂、消耗时间长外,特异性较差,效率也很低。本T-DNA_Insertion...
指示T-DNA插入成功：T-DNA载体上通常会携带一个报告基因，例如抗生素抗性基因（如nptII基因，赋予卡那...
目前,鉴定真菌T-DNA插入位点右臂侧翼基因组DNA序列常采用 TAIL-PCR或Hi-TAIL-PCR扩增技术,也有采用质粒挽救、外加接头等PCR扩增的报道。但这 些技术均或因模板处理或因引物不确定性问题而导致扩增效率低、重复性差,甚至呈偶然 性事件而被采用;现有研究中也有个别采用巢式PCR扩增未知序列的报道,但因没有找到 合适...
优选地,本发明所述的高效快速分离t-dna插入位点侧翼序列的方法中,所述步骤1)中提取基因组dna的方法为ctab法。 优选地,本发明所述的高效快速分离t-dna插入位点侧翼序列的方法中,所述步骤2)中基因组dna片段化的方法为超声破碎法。 优选地,本发明所述的高效快速分离t-dna插入位点侧翼序列的方法中,所述步骤2)中dn...