解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
解析 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体 T-DNA插入采用 PCR 法和 Southem法检测,用TAIL-PCR 扩增参试突变体 T-DNA 插入位点的侧翼序列,用 DNAstar 软件分析取得的测序资料,分析T-DNA边界剪切位点,通过与拟南芥基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
输入文件:R1.fq,R2.fq,Reference.fa,TDNA.fa python2.7 T-LOC/T-LOC.py --fastq R1.fq.gzR2.fq.gz --genome Reference_Sequence.fa --TDNA TDNA.fasta -o T-LOC 输入bamR,bamT,Reference.fa,TDNA.fa python2.7 T-LOC/T-LOC.py --bamR ref.bam --bamT tdna.bam --genome Reference_Seq...
2.1 识别TDNA插入位点 2.2 TDNA插入位点注释 网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插...
可以做Tail-PCR；直接基因组重测序，拟南芥比较容易也不是很贵，而且如果是多插入一般不会漏掉插入位点；如果是从tair上购买的突变体，tair上是有相关信息的，也有相关网站可以设计引物确定纯杂合 大概想到这几种方法，欢迎交流。
百度试题 题目7.如何确定拟南芥基因组T-DNA插入的位点?相关知识点: 试题来源: 解析反馈 收藏
IPCR确定T-DNA突变体插入位点 IPCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。IPCR可用于研究与已知DNA区段相连接的未知染色体序列,这时选择的引物虽然与核心DNA区两末端序列互补,但两引物3’端是相互反向的,其目的在于扩增一段已知序列旁侧的DNA。先提取筛选后得到的T-DNA插入突变体植物基因组DNA,选择T-DNA插入标签中...
如何确定拟南芥基因组tdna插入的位点 用t-dna特异性引物和基因组特异性引物进行PCR扩增后测序即可确定。 CDNA与基因组DNA有何区别? 一、来源不同CDNA:CDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA,是mRNA链 T-DNA可随机插入植物基因组内,导致被插入基因发生突变。用... (1)顶芽 生长素...
spades.py --careful -1 ${line}_1.TDNA.fq -2 ${line}_2.TDNA.fq -o ${line}spades done 5、将contigs与载体序列blastn(图1),比对不上的序列再和植物基因组blastn(图2),即可找到插入位点。 图1 图2 精力有限,难免出错,转载请注明出处。有任何疑问,欢迎交流讨论。
已知突变体，如果是salk之类系统的，去tair上查相关信息，插入位点已经鉴定完毕了 能不能说一下怎么查...