symbol转换为entrez+gene+id

2024-11-10 21:02:06

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R语言中gene symbol 转换为ENTREZID, clusterprofile富集分析 - 小...

#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org....
【clusterProfiler包】1行代码将SYMBOL转换为entrezID_比DAVID...

,AA=bitr(ID$id,fromType = "SYMBOL", toType =c('ENTREZID') , OrgDb = org.Rn.eg.db) #使用idid列转换,成功了,但有些没有entrezid (1)BB=bitr(ID$idid,fromType = "SYMBOL", toType =c('ENTREZID') , OrgDb = org.Rn.eg.db) 图2 使用idid列转换,成功了,但有些没有entrezid (2)...
测序得到的基因登录号如何转换为gene symbol或者通用的entrez ID...

Ensembl Gene ID就是以E开头的一大长串的ID，一般从TCGA下载的数据多为这种ID，而Gene Symbol就是我们...
富集分析结果里的entrezid太难读了,能不能直接转换为symbol? - 简书

富集比较,输出出来的结果里仍然是有geneID的,也是entrezID ck<-compareCluster(geneCluster=gcSample,fun="enrichKEGG")head(as.data.frame(ck)$geneID) ##[1]"991/1869/890/1871/701/990/10926/9088/8317/9700/9134/1029/2810/699/11200/23594/8555/4173"##[2]"4067/3383/7128/1869/890/1871/578/864...