在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(proteinprotein interaction network,PPInetwork)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能...
PPI对单个蛋白功能至关重要,它能形成各种细胞通路,也参与疾病的发生发展。PPI数据直接用于识别蛋白多聚复合体和预测蛋白功能,也可用于药物设计。 到底是什么工具可以帮我们做PPI分析? https://string-db.org/ String数据库是一个在线搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间互作关系的数据库。它除了包含有实验数据、从PubMed...
然后用string_db$map函数给它加上一列是 string 数据库的蛋白ID,然后用string_db$add_diff_exp_color函数给它加上一列是color。 用string_db$plot_network函数画网络图,只需要 string 数据库的蛋白ID,如果需要给蛋白标记不同的颜色,需要用string_db$post_payload来把color对应到每个蛋白,然后再画网络图。 也可...