整合的Stereo-seq和scRNA-seq数据的高空间分辨率、器官尺度视野和转录组范围特征使我们能够研究SARS-CoV-2感染前后不同细胞亚群的共定位。基于网络聚类分析,确定了11个细胞模块。同一模块内的细胞亚群往往在空间上共定位。 基于CellChat分析推断共定位细胞亚群的细胞间通讯,研究DC-T免疫中枢中细胞类型与肺泡定位的ATI和巨...
第二类被称为原位捕获方法,并在测序前将空间条形码整合到转录物上,允许整个转录组覆盖,但空间分辨率有限(例如,Visium的spot间距为100 um)。原位捕获方法的低空间分辨率使单细胞的空间分析复杂化,需要反卷积、插补和/或整合外部单细胞转录组学资源。然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和No...
表1 Stereo-seq N芯片(1 cm× 1 cm,FFPE)分析结果 表2 不同bin size的每个bin的平均基因类型数 研究人员通过对Stereo-seq得到的空间转录组数据进行聚类分析,发现肿瘤样本中存在较高的异质性,且在同一个肿瘤组织样本的三个layers间没有明显的批次效应,聚类结果一致性高(图2)。 图2 Stereo-seq分析HGSOC样本的...
采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq,结合scRNA-seq绘制了患有罕见特发性多中心Castleman病(Idiopathic Multicentric Castleman Disease,iMCD)的同卵双胞胎病例的淋巴结单细胞空间图谱,揭示了IL-6通路信号在淋巴结内皮细胞和成纤维细胞网状细胞中的主导地位,并描述了外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear...
为了探索微生物群在调节和塑造脾脏中的作用,研究人员联合使用Stereo-seq和scRNA-seq,全面检测SPF和GF小鼠脾脏在形态、大小、结构、细胞类型、细胞空间分布、细胞功能、差异基因表达活性和细胞相互作用的分子机制方面的差异,阐明了微生物群如何塑造小鼠免疫器官的解剖结构和功能,这将有助于设计针对免疫相关疾病的创新疗法和...
从空间的角度来看,为了分析细胞亚群,有两种做法, 一种类似单细胞,对同一细胞类型直接进行再分群,本质上是细胞类型内部基因表达上有差异,但是在空间上运用场景有限制,必须是高通量平台才可以,比如Stereo-seq、HD、5000+panel的Xenium等(这里说的基础分析需要做图像分割,得到单细胞级别的空间矩阵),但是对于低panel的不...
对于空间转录组而言,高精度平台图像分割获取单细胞精度的矩阵绝对是必做的。大家如果选择做高精度空转,尤其Stereo-seq、HD,一定要提前问清楚是否具有图像识别分割的能力。 我们来实现这个共定位差异比较分析,基础分析大家做好,包括整合分析,获取h5ad文件,示例是cluster,大家分析项目要用细胞类型。
Stereo-seq时空转录组共表达网络分析软件是由西南华大生命科学研究院著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1722782,属于分类,想要查询更多关于Stereo-seq时空转录组共表达网络分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
流程升级---原位捕获数据的无分割分析(Stereo-seq、HD) 作者,Evil Genius 高分辨率的空间转录组,最好做细胞分割,一般不要用一刀切的bin划分方法,但是我们如果没有条件做细胞分割,就需要改进一下一刀切的bin分割方法。 尽可能恢复空间转录组的细胞精度矩阵。
整合的Stereo-seq和scRNA-seq数据的高空间分辨率、器官尺度视野和转录组范围特征使我们能够研究SARS-CoV-2感染前后不同细胞亚群的共定位。基于网络聚类分析,确定了11个细胞模块。同一模块内的细胞亚群往往在空间上共定位。 基于CellChat分析推断共定位细胞亚群的细胞间通讯,研究DC-T免疫中枢中细胞类型与肺泡定位的ATI和巨...