第二类被称为原位捕获方法,并在测序前将空间条形码整合到转录物上,允许整个转录组覆盖,但空间分辨率有限(例如,Visium的spot间距为100 um)。原位捕获方法的低空间分辨率使单细胞的空间分析复杂化,需要反卷积、插补和/或整合外部单细胞转录组学资源。然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和No...
STCellbin输入包括Stereo-seq空间基因表达数据,以及细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像块。采用MFWS算法获得缝合后的细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像。使用快速傅里叶变换(FFT)算法对这两幅拼接的染色图像进行配准。空间基因表达数据被转换成地图,然后与基于“轨迹线”信息的缝合细胞核染色图像进行分析。从而实现基因表达图谱...
第二类被称为原位捕获方法,并在测序前将空间条形码整合到转录物上,允许整个转录组覆盖,但空间分辨率有限(例如,Visium的spot间距为100 um)。原位捕获方法的低空间分辨率使单细胞的空间分析复杂化,需要反卷积、插补和/或整合外部单细胞转录组学资源。然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和No...
结果1、SRT数据包含妨碍下游分析的噪声 转录物扩散噪声在SRT数据中普遍存在(Stereo-seq和10x Visium)。 SRT数据存在广泛的扩散,导致该基因原有的空间特异性丧失,无法对细胞聚集或细胞类型注释做出合理的判断。 在进行下游生物信息学分析之前,对SRT数据进行有效的去噪是必不可少的。 结果2、SpotGF对SRT数据去噪 利用最...
然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和Nova-ST等定序方法提供了纳米分辨率的全转录组图谱。这些高分辨率技术提供了独特的优势,例如在亚细胞水平上解析转录组全表达的能力,在某些情况下在亚微米范围内。 目前的分析挑战:高分辨率方法产生的数据量巨大,需要强大且可扩展的计算工具进行高效的...
转录物扩散噪声在SRT数据中普遍存在(Stereo-seq和10x Visium)。 SRT数据存在广泛的扩散,导致该基因原有的空间特异性丧失,无法对细胞聚集或细胞类型注释做出合理的判断。 在进行下游生物信息学分析之前,对SRT数据进行有效的去噪是必不可少的。 结果2、SpotGF对SRT数据去噪 利用最优运输(OT)算法定量评估基因扩散模式,...
根据PubMed等公开数据库查询显示,截至2025年1月15日,华大时空组学技术Stereo-seq助力发表研究文章数量突破100篇。此外,基于Stereo-seq发表的综述文章达到26篇、部分引用文章85篇,预印71篇。 发文涵盖领域广泛 华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq凭借“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的优势,在生命科学多个领域展现...
表1 Stereo-seq N芯片(1 cm× 1 cm,FFPE)分析结果 表2 不同bin size的每个bin的平均基因类型数 研究人员通过对Stereo-seq得到的空间转录组数据进行聚类分析,发现肿瘤样本中存在较高的异质性,且在同一个肿瘤组织样本的三个layers间没有明显的批次效应,聚类结果一致性高(图2)。
此外,研究人员通过进一步系统分析GF和SPF小鼠之间细胞-细胞相互作用的差异,证实了以上的发现,即SF和SPF小鼠脾脏结构的差异与趋化因子有关。 图5 SPF和GF小鼠scRNA-seq数据集中趋化因子的不同表达 总结 脾脏在人体对细菌和真菌感染的免疫反应中起着至关重要的作用。本研究中,研究人员基于华大自主研发的DNBelab C4单细胞...
HE染色是可以进行细胞分割的,新推出的Stereo-seq已经兼容HE染色的方法。 荧光染色的图像对比度较高,像DAPI或ssDNA染色的细胞会更亮,我认为这样做细胞分割会更准确一些。HE染色除了染色信息外,还包含一些组织结构的信息,因此可以辅助判断。但相反,HE染色的颜色对比度没有核染色那么明显,因此在细胞分割时可能精度会有所...