然后对阵列进行显微照相,用引物孵育并测序,以获得包含每个蚀刻DNB的坐标编码(CID)的数据矩阵(步骤2)。通过与CID杂交,在每个点上连接分子编码(MID)和含有寡核苷酸的polyT序列(步骤3)。下一步包括组织polyA尾RNA的捕获,通过将新鲜组织的冷冻切片加载到芯片表面,然后进行固定...
RG subtypes with specific spatial distribution are identified in Dien and Mid 结果6、Molecular signatures of glutamatergic and GABAergic neurons 作为复杂脑功能的执行单位,神经元是大脑中最不可缺少的组成部分为了研究人类大脑发育过程中神经元的时空动态 将62520个glutamatergic神经元和59062个GABAergic神经元根据...
1. 单细胞内基因数、总MID数高于Bin20(图3.a); 2. 相同参数下,CellBin数据聚类种类更多,Davies-Bouldin score(DB)更高,且聚类出的皮层分层更加明显,莫兰指数更高(图3); 3. 在利用端到端的注释方法(spatialID)时,CellBin数据的注释结果更准确,marker基因的表达更加显著(图4)。 图3 Bin20和CellBin下游...
华大时空公众号后台回复数字“100”,获取完整文献列表 根据PubMed等公开数据库查询显示,截至2025年1月15日,华大时空组学技术Stereo-seq助力发表研究文章数量突破100篇。此外,基于Stereo-seq发表的综述文章达到26篇、部分引用文章85篇,预印71篇。 发文涵盖...
RG subtypes with specific spatial distribution are identified in Dien and Mid 结果6、Molecular signatures of glutamatergic and GABAergic neurons 作为复杂脑功能的执行单位,神经元是大脑中最不可缺少的组成部分为了研究人类大脑发育过程中神经元的时空动态 ...
研究人员利用Stereo-seq,分析了人脑的多个发育时间点(GW6、GW8、GW10、GW12和GW16),并结合scRNA-seq技术,绘制了人类胚胎不同脑区,包括Cor、Dien、Mid、Cere在内的单细胞时空转录组图谱(共228,047个细胞)。根据经典的标记基因,鉴定出了神经前体细胞、谷氨酸能神经元、GABA能神经元、少突胶质细胞前体细胞、星形胶质...
MR-proADM(mid-regional proADM)是ADM的替代标志物,在血液和长期储存中比ADM更稳定。ELISA数据显示,EOPE患者的孕早期血清MR-proADM水平低于同时期正常血压孕妇(图1C)。孕早期绒毛膜表面的绒毛免疫荧光染色显示,与正常妊娠相比,EOPE妊娠的滋养层ADM表达明显下调(图1E)。在EOPE妊娠分娩时胎盘组织中发现了类似的ADM...
华大的空转测序平台Stereo-seq产出两种数据格式:GEM和GEF,如下: GEM格式 GEM 格式数据由 SAP or SAW (version >= 5.1.3) 软件生成,包含5列:geneID, x, y, MIDCount, ExonCount x, y:基因在组织中的空间坐标 MIDCount:每个位点中基因表达的数量 ...
全球领先的时空组学到底是什么?华大自主研发的Stereo-seq告诉你。 下载 0播放
利用10x Genomics单细胞测序技术scRNA-seq,作者绘制了来自人类胚胎不同脑区(包括Cor、Dien、Mid、Cere在内),多个发育时间点(GW6、GW8、GW10、GW12、GW14、GW16和GW23)的单细胞转录组图谱 (共228,047个细胞)。根据经典的标记基因,作者鉴定出神经前体细胞(NPC)、谷氨酸能神经元、GABA能神经元、少突胶质细胞前体...