star-fusion得到的融合基因结果还需要可视化哦 最好用的融合基因查找工具终于正式发表了,还有一个踩过的坑需要注意:一个好像没有做任何改变的参数但是关于融合基因的后续生物学介绍我们说的不够,现在就带领大家仔细理解一下star-fusion软件的结果! 我们的示例项目得到的结果,按照JunctionReadCount排序如下: 代码语言:
3.1 FusionInspector 融合序列可视化 FusionInspector是STAR-Fusion高级分析的第一步，通过对融合基因的序列进行监督分析，拼接比对，进而协助分析人员发现可信度更高的融合转录本。FusionInspector分析首先会提取融合基因的基因组信息，构建新的候选融合基因组；然后将测序reads与候选融合基因组比对，识别融合断点处的覆盖情况...
--html_output ~/fusion/FI/finspector.fusion_inspector_web.html 没有html报告问题不大,我们可以把数据文件载入到IGV自己进行可视化,需要下面的4个文件: finspector.fa : the candidate fusion-gene contigs (if you copy things elsewhere, make sure to als copy the index file finspector.fa.fai) finspect...
3.1 FusionInspector 融合序列可视化 FusionInspector是STAR-Fusion高级分析的第一步,通过对融合基因的序列进行监督分析,拼接比对,进而协助分析人员发现可信度更高的融合转录本。 FusionInspector分析首先会提取融合基因的基因组信息,构建新的候选融合基因组;然后将测序reads与候选融合基因组比对,识别融合断点处的覆盖情况。分...
R:用于数据分析和可视化。 可以通过以下命令安装这些依赖项: # 安装STARconda install-cbioconda star# 安装samtoolsconda install-cbioconda samtools# 安装blastconda install-cbioconda blast# 安装perlconda install-cbioconda perl# 安装Rconda install-cr r ...
STAR是目前主流的RNA-seq比对软件之一,而STAR-fusion就是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件,该项目的地址如下
如何可视化这个融合情况。 后面的内容更精彩,但是这个教程无关,等我把这几天的融合基 因教程发完了再统一发解读。 感兴趣的可以先自行看看: https://github.com/STARFusion/STAR-Fusion/wiki 另外,值得一提的是,有 docker 版本的 STAR-fusion,虽然我并 没有用起来,但还是推荐一下。 docker 来啦 值得注意的是...
forked fromHsoft/富表低代码可视化大屏工具 确定同步? 同步操作将从Hsoft/富表低代码可视化大屏工具强制同步,此操作会覆盖自 Fork 仓库以来所做的任何修改,且无法恢复!!! 确定后同步将在后台操作,完成时将刷新页面,请耐心等待。 删除在远程仓库中不存在的分支和标签 ...
通过可视化结果可以看出,MBT中的瓶颈进一步迫使注意力被定位到图像的较小区域(即左上方婴儿的嘴和右下方唱歌的女人的嘴)。融合结果更加准确,更具备可解释性。 四、总结 MBT架构将“注意力瓶颈”用于多层模态融合。与传统的自注意相比,MBT迫使不同模式之间的信息通过少量的瓶颈Token,要求模型在每个模态中学习最相关的...
3.1 FusionInspector 融合序列可视化 FusionInspector是STAR-Fusion高级分析的第一步,通过对融合基因的序列进行监督分析,拼接比对,进而协助分析人员发现可信度更高的融合转录本。 FusionInspector分析首先会提取融合基因的基因组信息,构建新的候选融合基因组;然后将测序reads与候选融合基因组比对,识别融合断点处的覆盖情况。分...