# --quantMode TranscriptomeSAM will output alignments translated into tran-script coordinates,为了使用RSEM 进行定量分析做准备;# STAR align 复杂版本 样本R2 STAR --runThreadN 12 --genomeDir arab_STAR_genome \ --readFilesCommand zcat \ --readFilesIn 02clean_data/sample2_1_paired_clean_R1....
rsem-calculate-expression \--paired-end \ #双端测序--no-bam-output \ #不输出bam结果(bam是一种文件格式,sam->bam)--alignments-p16-q./04STAR_out/sampleAligned.toTranscriptome.out.bam \#比对所用的线程和输入文件./05rsem_index/Brapa_genome \#索引文件所在目录及其前缀./06rsem_out/sample_rsem...
STAR+RSEM 先比对再进行定量 # build index 建立索引;STAR--runThreadN10--runMode genomeGenerate \--genomeDir arab_STAR_genome \--genomeFastaFiles00ref/TAIR10_Chr.all.fasta \--sjdbGTFfile00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf \--genomeSAindexNbases12\--sjdbOverhang149# 一般为reads...
外显子测序是基于基因组,就是 固定不变的信息,而RNA-seq是 基于动态的信息,是变化的信息。 也就是说,外显子测序还是在基因组上测序,只是测已知外显子区域 RNA-seq是对转录后的mRNA测序,可能只是已知外显子区域的一部分。 靶向测序,主要是对一些选定的基因进行测序。通常是对已知致病基因或感兴趣的基因进行测序...
Description of the bug When nextflow is started from an NFS mount (AWS EFS volume), the star_rsem aligner fails at the rsem-calculate-expression step. It appears that this step launches STAR and requires a file system supporting FIFO (na...
原声带 - Starman
||| Mersem Nausicaan Hartnäckig, Aggressiv, Skrupellos, Unbändig W || Metenu Orion Verführerisch, Friedlich W Miadde Orion Skrupellos, Verführerisch, Taktvoll W Mila Mannitza Cardassian Fotografisches Gedächtnis, Entschlossenheit, Teamwork ...
RNA seqSTAR与rsem的区别 目录第一课 课程介绍第二课 RNAseq技术第三课 RNAseq发展历史第四课 关于基因的概念 第一课 课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息,是某一时刻DNA表达谱的快照 课程大纲RNAseq的应用第二课 RNAseq技术转录组概念中心法则(高通量测序验证了中心法...
- Nowa ozdoba na maskę: Okleina z Larsem. © Copyright 2023 Monster and Monster. Developed by Monster and Monster. Published by Raw Fury AB. All Rights Reserved. Wymagania systemowe Minimalne wymagania systemowe: Wymagania systemowe: System: Windows 10 Windows 10 Procesor: i5 / Ry...
RNA sequencing analysis pipeline using STAR, RSEM, HISAT2 or Salmon with gene/isoform counts and extensive quality control. - nf-core/rnaseq