--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts #将上面基因组比对的信息转化为转录本比对的信息,count # --quantMode TranscriptomeSAM will output alignments translated into tran-script coordinates,为了使用RSEM 进行定量分析做准备;# STAR align 复杂
mRNA是编码RNA、其余RNA称为非编码RNA。(非编码RNA由基因组上非基因区转录出来)人类基因组上只有10%是基因区,而编码区只有1%-2%。 各类RNA功能 各类RNA在转录中的含量。上半部分是原核生物、下半部分是真核生物(每次转录的比例也不尽相同)。 RNAseq分类(这里的外显子测序是指什么,是mRNA测序吗?不是) 外显...
测试rsem是否安装 2.png #samtools 查看bam 文件;(每个基因上有多少个reads 的统计信息的bam文件;)#为什么tab文件中后面有三个文件;从原始的read信息到比对文件的过程;samtools view sample2_Aligned.sortedByCoord.out.bam|head 转录组数据计算表达定量;# rsem prepare reference 从参考基因组中提取原始准备文件rsem...
RNA seqSTAR与rsem的区别 目录第一课 课程介绍第二课 RNAseq技术第三课 RNAseq发展历史第四课 关于基因的概念 第一课 课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息,是某一时刻DNA表达谱的快照 课程大纲RNAseq的应用第二课 RNAseq技术转录组概念中心法则(高通量测序验证了中心法...
1、RSEM使用 (1)构建索引 用法:rsem-prepare-reference [options] reference_fasta_file(s)reference_name --gtf指基因组的注释文件,并且rsem将会使用该注释文件从 reference_fasta_file(s)中提取出转录本;reference_fasta_file(s)为基因组文件;reference_name指定索引的目录以及前缀。
02clean_data/output_reverse_paired.fq.gz \ --outFileNamePrefix 03align_out/sample2_ \#结果文件 --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \#输出BAM文件并排序 --outBAMsortingThreadN 5 \ --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts#定量分析每个基因上的reads数,为使用RSEM进行定量分析做准备...
RNA seqSTAR与rsem的区别 目录第一课 课程介绍第二课 RNAseq技术第三课 RNAseq发展历史第四课 关于基因的概念 第一课 课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息,是某一时刻DNA表达谱的快照 课程大纲RNAseq的应用第二课 RNAseq技术转录组概念中心法则(高通量测序验证了中心法...
RNA seqSTAR与rsem的区别 目录第一课 课程介绍第二课 RNAseq技术第三课 RNAseq发展历史第四课 关于基因的概念 第一课 课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息,是某一时刻DNA表达谱的快照 课程大纲RNAseq的应用第二课 RNAseq技术转录组概念中心法则(高通量测序验证了中心法...