-p:线程数。 input_Aligned.toTranscriptome.out.bam:运行完STAR后生成的reads比对至转录本的BAM文件。 reference_name:索引名称。 out_prefix:输出文件前缀。 运行完成后,可以看到输出了两个文件和一个文件夹。 genes.results和isoforms.results分别是基于基因和转录本水平的定量结果。 isoforms.results中包含了转录本I...
STAR+RSEM 先比对再进行定量 # build index 建立索引; STAR --runThreadN 10 --runMode genomeGenerate \ --genomeDir arab_STAR_genome \ --genomeFastaFiles 00ref/TAIR10_Chr.all.fasta \ --sjdbGTFfile 00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf \ --sjdbOverhang 149 # 一般为read...
star --star-output-genome-bam --star-gzipped-read-file --estimate-rspd --seed 1 \ test_sample_1_val_1.fq.gz test_sample_2_val_2.fq.gz \ $INDEX \ test_sample cat <<-END_VERSIONS > versions.yml "NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:QUANTIFY_RSEM:RSEM_CALCULATEEXPRESSION": rsem: $(rsem-...
第一步 STAR比对过程中，用：--quantMode TranscriptomeSAM 参数 ，获得Aligned.toTranscriptome.out.bam。如图所示，该bam文件第三列为转录本：第二步 rsem-calculate-expression --paired-end -no-bam-output --alignments -p 8 star_Aligned.toTranscriptome.out.bam RSEM_index RSEM_prefix ...
http://www.genoseq.cn/index.php?m=Page&a=index&id=77 上述技术的缺陷 几种基因表达定量技术的比较 RNAseq技术优势 第四课 关于基因的概念 狭义上说,基因通常指基因组上完成特定功能的一个区域 编码区一定是一段ORF,但ORF不一定是编码区 ORF(为什么每条链中都存在三个呢) ...
~/biosoft/rsem/RSEM-1.3.0/rsem-prepare-reference -gtf ~/annotation/hg38/gencode.v27.annotation.gtf --bowtie2 ~/reference/genome/hg38/GRCh38.p10.genome.fa ~/reference/index/RSEM/hg38/hg38 这里用bowtie2做为测试数据的refences索引,一方面是因为用STAR的话对内存要求较高;另一方面是因此我的测试...
rsem-prepare-reference --gtf mm9.gtf \ --star \ --star-path /sw/STAR \ -p 8 \ --prep-pRSEM \ --bowtie-path /sw/bowtie \ --mappability-bigwig-file /data/mm9.bigWig \ /data/mm9 \ /ref/mouse_0 rsem-calculate-expression --star \ --star-path /sw/STAR \ --calc-pme \ ...
HISAT2和STAR的使用步骤都是先构建索引,再进行比对。用基于一定算法构建的索引文件进行比对,可以明显减少比对所需的内存和计算量,同时显著提高比对的速度以及准确率。 1、HISAT2使用 (1)构建索引 用法:hisat2-build [options]*<reference_in><ht2_index_base> ...
STAR+RSEM 先比对再进行定量 # build index 建立索引;STAR--runThreadN10--runMode genomeGenerate \--genomeDir arab_STAR_genome \--genomeFastaFiles00ref/TAIR10_Chr.all.fasta \--sjdbGTFfile00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf \--genomeSAindexNbases12\--sjdbOverhang149# 一般为reads...
Certification CE, Energy Star, SASO Beam Angle 120° LED Chips CREE Lamp Type COB LED High Bay Lamp Chip LED COB Color Temp Option 3000k, 4500k, 6500k Frequency Range 50Hz--60Hz Luminous Efficiency 80lm/W CRI >80 Working Temperature -20 ~ 60 Dimmable Type...