tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功 ~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sratoolkit安装文件路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc 5、再...
[root@PC3 bin]#fastq-dumpUsage:/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <path> [<path>...]/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <accession>Use option--helpformore information/home/software/sratoolkit.2.11.0-...
第一步:进入NCBI选择“Download”, 进入后选择“Download Tools”工具下载。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 第二步:选择“SRA Toolkit”的“Download”按钮,进入版本选择,此处我选择的是“CentOS Linux 64 bit architecture ”,若想在linux系统中下载,可选择右键“复制链接地址”,然后到linux系统中用wget命令...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive wget -P ~/Biosofts/链接 2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar 发布于 2022-07-25 11:00 写下你的评论... ...
在服务器上用预编译的方法下载安装Aspera和SRA-toolkit 1.安装Aspera 软件 首先我们先远程登录云服务器:这里我使用的是Xshell 上图中1为我们需要访问的服务器端IP地址和端口号,然后输入自己的账户(如2)和密码进入服务器,正确输入之后如3所示。 这里编者已经下载好软件安装包,使用ls -la 命令可以显示当前家目录下...
[root@PC3 sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]#cd bin/[root@PC3 bin]# ls abi-dump fasterq-dump-orig.2.11.0pacbio-load srapath-orig.2.11.0test-sra.2.11.0abi-dump.2fastq-dump pacbio-load.2sra-pileup vdb-config abi-dump.2.11.0fastq-dump.2pacbio-load.2.11.0sra-pileup.2vdb-config.2...
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit：wget -P ~/Biosofts/ ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov...2、使用tar命令解压缩文件：tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功：~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sra...
The SRA accession numbers are SRR*** 然后我们去下载 我们在NCBI上面SRA搜索中输入 SRR*** 可以出来这个原始数据的例子 然后你点击去,发现下载要使用一个工具 sratoolkit we need SRA Toolkit 那么我就来安装一下 点击之后选择你电脑的版本 我这里是