话不多说,上代码 importosimportsubprocessimportargparseif__name__=="__main__":# SRA2FASTQ tool是将SRA文件批量转换为FASTQ格式的工具,遍历目录下所有子目录的SRA文件并转换print("=== SRA2FASTQ tool is running... ===")print("Author: Yuntao Zhu")print("This script will search for all SRA fi...
批量下载:输入bin\prefetch.exe --option-file 序列号文件的存放路径。 本次学习借鉴:https://blog.csdn.net/qq_41557432/article/details/108586760?utm_source=app&app_version=4.5.4 三. sra数据转换为fastq格式,代码如下 F:\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\fastq-dump.exe --split-e F:\ERR220347\ERR2203...
fasterq-dump的用法和fastq-dump一样,如下所示 fasterq-dump--split-3SRR5318040.sra-t/mnt/d/temp-e24;###-t 是临时文件夹位置,-e24是24线程 此外还有建立了GitHub Wiki提供使用教程,参见https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。 重点参数是-e|threads, 用于选择使用多少线程进行运行...
1 数据解压:用samtools中的fastq-dump将sra格式转为fastq格式 代码语言:javascript 复制 #先启动python3环境 kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ source~/miniconda3/bin/activate#查看fastqc命令是否有效(注意现在是base环境)(base)kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ fastq-dump-h #命令...
10X单细胞转录组测序数据的SRA转fastq踩坑那些事 下面赵法明-博士-华中科技大学的投稿 前言 笔者在学习单细胞数据分析之前，以掌握R语言和Linux基本操作。跟着生信技能树B站的视 频，依次学习了GEO数据挖掘、Linux公益课、RNA-seq上下游分析、甲基化数据以及CHIP- seq上下游分析。在学习和实践锻炼了这些技能之后，开始...
sra转fastq格式 2018-09-04 10:22 −> NCBI上下载的原始数据为SRA数据,而适用于大部分生物软件的是fastq格式,所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。 ### 1、下载软件 ```shell wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih... ...
下载好的数据是sra压缩格式,这个格式是ncbi特有的一种格式,需要将此格式的文件转换成fastq文件的格式 sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software ...
现在知道了，原来是作者上传的时候，上传的是bam文件，要先SRA转bam，再用cellranger转fastq。也遇到这个...
比对,SRR4061391.sra文件是一个二进制文件,需要使用sra工具来转化为fastq。 转换之后的fastq如下: @SRR4061391.sra.1Run0289_BC69A1ACXX_L7_T1101_C8 length=51ATTCAAGGGAGTTATAAGCAGAGTCAATAATGAATTTCTTCCTGCGTCTCC+SRR4061391.sra.1Run0289_BC69A1ACXX_L7_T1101_C8 length=51CCCFFFFFHDHFHIJJJJJGJIIEHHI...
SRA格式转换成fastq格式,调用fasterq-dump 代码语言:javascript 复制 kingfisher extract--sraSRR1574780.sra-t20-f fastq.gz #-f,指定转换输出的文件格式,支持fastq,fastq.gz,fasta,fasta.gz #-t,指定线程数 写在最后(by-CJ) Emmm,按照我的习惯,公众号推文上来一定是三段式: ...