今天释放 TBtools 插件 “小四”,SRAtoFastq。 大多数时候,我们下载到的原始数据是 .sra 格式。进行下一步数据分析,需要自行将 .sra 格式转换为 fastq 格式(Emmm,其实也存在少数软件直接支持.sra数据,此处不展开)。 整体上,完成这一步只有两个做法: 使用NCBI 的 SRA toolkits 去NCBI,用内部的 Java 程序 显然,...
ena-ascp,调用Aspera从ENA中下载.fastq.gz数据 ena-ftp,调用curl从ENA中下载.fastq.gz数据 prefetch,调用prefetch从NCBI SRA数据库中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 aws-http,调用aria2c从AWS Open Data Program中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换也就是说,如果是用的ENA...
aws-http,调用aria2c从AWS Open Data Program中下载SRA数据,然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 也就是说,如果是用的ENA源 直接下载的就是fastq,如果用的SRA或其他,那就是下载SRA数据 然后kingfisher再自动调用fasterq-dump转换成fastq SRA格式转换成fastq格式,调用fasterq-dump kingfisher extract --sra SRR157...
TBtools SRA2Fastq 对于参与内测的用户,瞧与不瞧就无所谓了。你只要把文件“拖”进来 点击开始,然后就能去喝咖啡了。 这之后你也可以再看看两种方法最终结果有没有区别,最后发现行数一样的,所以一样的…… 最后命令行除了fasterq-dump外还有fastq-dump和pfastq-dump,感兴趣的话请自行尝试吧。这里发现fastq-dump...
Emmm,如何完美获取公开的测序原始数据,在《生信札记》上我已经给出解决方案。今天释放 TBtools 插件 “小四”,SRAtoFastq。 大多数时候,我们下载到的原始数据是 .sra 格式。进行下一步数据分析,需要自行将 .sra 格式转换为 fastq 格式(Emmm,其实也存在少数软件直接支持.sra数据,此处不展开)。