10X Visium HD平台已经发布,高精度平台,配套loupe软件,看起来几乎是无敌的,大家可以试一试新的技术。 希望华大可以更新一下自己的平台,能达到10X的水平即可,那样大家不会选择10X的Visium HD。 但是大家选择平台,保证数据质量是前提。 但是无论是哪种平台,通讯是必须分析的内容。 上一篇重点介绍过,细胞之间的相互作用...
10X单细胞空间通讯分析之最新版cellphoneDB(v4)解读 通过空间行为(optimal transport)推断空间细胞间通讯信号方向(COMMOT) 时空通讯分析策略 时空通讯分析大盘点 时空通讯分析导论 今天我们继续关于空间通讯的内容 其中空间通讯分析的重点,就是既要分析配受体对,又要考虑空间邻近性,从而形成空间模式,因为细胞就相互作用(CC...
Spatial transcriptomics technologies are assessed by key metrics, such as resolution of the spatial biology, gene plexity (the number of genes detected), and gene sensitivity (the linear dynamic range of accurate transcript detection). 10x Genomics spatial tools are optimized to provide robust insight...
该论文的通讯作者Joakim Lundeberg也是瑞典Spatial Transcriptomics公司的联合创始人之一,2018年底10X Genomics宣布收购Spatial Transcriptomics,并于2019年发布Visium空间基因表达解决方案(Visium Spatial Gene Expression Solution)。 02、10X Genomics Visium空间转录组技术 1、技术原理 将冰冻组织切片放置在10X Genomics Visium芯...
10X单细胞空间通讯分析之最新版cellphoneDB(v4)解读 通过空间行为(optimal transport)推断空间细胞间通讯信号方向(COMMOT) 时空通讯分析策略 时空通讯分析大盘点 时空通讯分析导论 今天我们继续关于空间通讯的内容 其中空间通讯分析的重点,就是既要分析配受体对,又要考虑空间邻近性,从而形成空间模式,因为细胞就相互作用(CC...
该论文的通讯作者Joakim Lundeberg也是瑞典Spatial Transcriptomics公司的联合创始人之一,2018年底10X Genomics宣布收购Spatial Transcriptomics,并于2019年发布Visium空间基因表达解决方案(Visium Spatial Gene Expression Solution)。 02、10X Genomics Visium空间转录组技术 ...
Visium is based on the Spatial Transcriptomics technology which was first reported in 2016. Since then Visium data has been published in nearly 90 peer-reviewed articles, including journals from Nature, Cell, and Science. Internally, over 30 different fresh frozen tissues and FFPE tissues have been...
空间高变基因联合算法推断区域识别的方法,SpatialDE2,文章在SpatialDE2: Fast and localized variance component analysis of spatial transcriptomics,看到这个,大家首先联想到的是软件SpatialDE,其实这本身就是SpatialDE的升级版,关于SpatialDE大家可以参考我的文章10X空间转录组---空间高变基因检测之SpatialDE,好了,我们来...
近日,10x Genomics公司宣布收购位于瑞典斯德哥尔摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空间基因组学(spatial genomics)领域的领先公司。空间基因组学是一个新兴领域,它不但让研究人员可以获得单细胞内的基因组数据,而且可以比较在组织不同部位的细胞中基因组信息的变化。这一技术在肿瘤学、神经科学...
10x Genomics, May 2022 See how oncology translational researchers are using Visium Spatial Gene Expression Elizabeth Jaffee, Elana Fertig, and Luciane Kagohara, Johns Hopkins University Spatial Experiment Design, Sample Prep, & Workflow John Lee, PhD, May 2022 ...