二、Fst候选关键基因SNP位点位置信息的确定 注释结果中,variant_function 注释所有变异所在基因及位置。第1列为变异所在的类型,如外显子、内含子、基因间区、非编码区等,第2列是对应的基因名(若位于基因中,只有一个基因;否则有多个基因名用,隔开,),第3列为染色体编号,第4列和第5列是基因的起始终止位置,第6列和第7列是参考基因型
根据SnpEff的注释结果(如下),落在编码区有1,168,139个。对于落在编码区域的SNP而言,大约有533,656个位点是非同义突变,638,879个位点是同义突变。「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释相比较于文章,我们的各个位置上的SNP信息都比较多,但是整体在一个数量级上,接下来就是利用这些SNP位点做更加深入的...
snpEff是用于注释SNP变异位点的软件，开发基于java，下载与安装在Unix系统下相对简单，解压后包含clinEff和snpEff文件夹，我们使用的是snpEff。软件提供了42789个数据库，用于注释不同物种的基因组，可以下载。例如，针对大麦，运行下载命令。snpEff使用vcf格式文件进行注释，主要提供染色体编号、位置、参照碱基...
E-mail:djj@ imbcams. com. cn树鼩脂肪转录组 SNP 位点发掘及其功能注释*罕园园1,2孙晓梅1,2匡德宣1,2陆彩霞1,2仝品芬1,2王文广1,2李 娜1,2余 波3代解杰1,2(1. 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,昆明 650118)(2. 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,昆明 650118)(3...
之前的文章中介绍了annovar软件的使用,除了annovar以外,snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。 这款软件基于java语言进行开发,安装过程相对简单,下载之后解压缩即可。本篇对该软件的使用进行一个简介。 1. 查询所有可用的数据库列表 命令如下 java -jar snpEff.jar databases > snpEff.databases.list.txt ...
3. 基于黄麻转录组序列SNP位点的CAPS标记开发与验证 4. 河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育分析 5. 中缅树鼩行为及其节律的研究 6. 向日葵锈菌转录组SNP位点挖掘及所在基因功能注释 7. 花椒茎尖节点转录组测序及基因注释 8. 基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析 9. 高丹草杂种及其亲本转录组SNP...
单核苷酸多态性 基于黄麻转录组序列SNP位点的CAPS标记开发与验证 黄麻 转录组 SNP位点 CAPS标记 开发 向日葵锈菌转录组SNP位点挖掘及所在基因功能注释 向日葵锈菌 转录组 单核苷酸多态性 功能注释 拟环纹豹蛛响应温度胁迫SNP位点挖掘及其功能注释分析 拟环纹豹蛛 温度胁迫 单核苷酸多态性内容...
乌苏里貉生长性状SNP位点筛选注释软件是由中国农业科学院特产研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0909597,属于分类,想要查询更多关于乌苏里貉生长性状SNP位点筛选注释软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85%和33.66%.将包含SNP位点的262 980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1 187个有GO注释、77个有COG注释和1 080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP...
比如上面这个搜索结果，就是根据一起出来的数据，也就是一个位点的rs号进行检索出来的界面，但是完全不...