二、Fst候选关键基因SNP位点位置信息的确定 注释结果中,variant_function 注释所有变异所在基因及位置。第1列为变异所在的类型,如外显子、内含子、基因间区、非编码区等,第2列是对应的基因名(若位于基因中,只有一个基因;否则有多个基因名用,隔开,),第3列为染色体编号,第4列和第5列是基因的起始终止位置,第6列...
SNP位点注释:顾名思义也就是把SNP位点信息和基因组信息相关联,比如有多少SNP位点落在编码区,这些位点有多大比例是非同义突变。 数据准备 做SNP位点注释需要三样原件,分别是:参考基因组序列文件,参考基因组序GFF注释文件和之前Call好的SNP数据VCF文件。 使用SnpEff注释VCF文件 推荐使用snpEFF来做突变注释[1]。 软件...
第一步,修改snpEff/snpEff.config,增加西瓜基因组信息 # watermelon watermelon.genome : watermelon 第二步,在snpEff/data/新建一个watermelon文件夹,并存放基因组序列和GFF文件 mkdir -p snpEff/data/watermelon cp 97103_genome_v2.fa.gz snpEff/data/watermelon/sequences.fa.gz cp 97103_gene_gff_v2...
9:Rank:只有当变异位点位于基因区域时才有值,当变异位点位于基因区域以外(intergenic_region)时,该字段的值为空。该值给出的是变异位点所处的exton/intron和该基因的exon/intron的总数。 10:HGVS.c:在DNA水平上,采用HGVS标准命名的变异位点的情况。 11:HVGS.p:在蛋白质水平上,采用HGVS标准命名的变异位点的情况。
snpEff使用vcf格式文件进行注释，主要提供染色体编号、位置、参照碱基与变异碱基信息。注释后生成两个文件：注释后的vcf文件与snpEff_summary.html。注释结果包含突变类型、影响程度、基因名与ID、变异位点所在区域类型与ID、转录本类型、变异位点在不同层面的位置信息、距离描述以及错误、警告或信息性消息。注...
E-mail:djj@ imbcams. com. cn树鼩脂肪转录组 SNP 位点发掘及其功能注释*罕园园1,2孙晓梅1,2匡德宣1,2陆彩霞1,2仝品芬1,2王文广1,2李 娜1,2余 波3代解杰1,2(1. 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,昆明 650118)(2. 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,昆明 650118)(3...
SNP位点注释软件是由中国农业科学院深圳农业基因组研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2020SR0786215,属于分类,想要查询更多关于SNP位点注释软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
之前的文章中介绍了annovar软件的使用,除了annovar以外,snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。 这款软件基于java语言进行开发,安装过程相对简单,下载之后解压缩即可。本篇对该软件的使用进行一个简介。 1. 查询所有可用的数据库列表 命令如下 java -jar snpEff.jar databases > snpEff.databases.list.txt ...
为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr,Nt注释,GO分类,COG分类,KEGG代谢通路注释...
SNP-Unigene功能注释发现,在低氧胁迫条件下,军曹鱼SNP-Unigene主要涉及信号转导,传染病,癌症和内分泌系统等信号通路.进一步筛选到3417条SNP-Unigene被注释到MAPK信号通路等35条与免疫相关的通路中.基于转录组差异基因分析,检测了其中7个重要免疫通路中18个免疫相关基因的SNP位点分布情况.同时,也检测了HIF-1信号通路中...