二、Fst候选关键基因SNP位点位置信息的确定 注释结果中,variant_function 注释所有变异所在基因及位置。第1列为变异所在的类型,如外显子、内含子、基因间区、非编码区等,第2列是对应的基因名(若位于基因中,只有一个基因;否则有多个基因名用,隔开,),第3列为染色体编号,第4列和第5列是基因的起始终止位置,第6列...
SNP位点注释:顾名思义也就是把SNP位点信息和基因组信息相关联,比如有多少SNP位点落在编码区,这些位点有多大比例是非同义突变。 数据准备 做SNP位点注释需要三样原件,分别是:参考基因组序列文件,参考基因组序GFF注释文件和之前Call好的SNP数据VCF文件。 使用SnpEff注释VCF文件 推荐使用snpEFF来做突变注释[1]。 软件...
参考使用snpEff对VCF进行注释,我们需要先建立西瓜的注释数据库。 第一步,修改snpEff/snpEff.config,增加西瓜基因组信息 # watermelon watermelon.genome : watermelon 第二步,在snpEff/data/新建一个watermelon文件夹,并存放基因组序列和GFF文件 mkdir -p snpEff/data/watermelon cp 97103_genome_v2.fa.gz snp...
SNP位点注释软件是由中国农业科学院深圳农业基因组研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2020SR0786215,属于分类,想要查询更多关于SNP位点注释软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
snpEff使用vcf格式文件进行注释，主要提供染色体编号、位置、参照碱基与变异碱基信息。注释后生成两个文件：注释后的vcf文件与snpEff_summary.html。注释结果包含突变类型、影响程度、基因名与ID、变异位点所在区域类型与ID、转录本类型、变异位点在不同层面的位置信息、距离描述以及错误、警告或信息性消息。注...
E-mail:djj@ imbcams. com. cn树鼩脂肪转录组 SNP 位点发掘及其功能注释*罕园园1,2孙晓梅1,2匡德宣1,2陆彩霞1,2仝品芬1,2王文广1,2李 娜1,2余 波3代解杰1,2(1. 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,昆明 650118)(2. 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,昆明 650118)(3...
之前的文章中介绍了annovar软件的使用,除了annovar以外,snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。 这款软件基于java语言进行开发,安装过程相对简单,下载之后解压缩即可。本篇对该软件的使用进行一个简介。 1. 查询所有可用的数据库列表 命令如下 java -jar snpEff.jar databases > snpEff.databases.list.txt ...
乌苏里貉生长性状SNP位点筛选注释软件是由中国农业科学院特产研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0909597,属于分类,想要查询更多关于乌苏里貉生长性状SNP位点筛选注释软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
#方法一:软件下载wget https://downloads.sourceforge.net/project/snpeff/snpEff_latest_core.zip#解压缩unzip snpEff_latest_core.zip #方法二:conda下载conda install-y snpeff 2. 运行 2.1 构建SnpEff数据库 SnpEff软件的运行,首先需要基因组fasta序列信息和GTF注释信息,来构建数据库。
单核苷酸多态性(SNP)/插入缺失(Indel)作为基因组中最丰富的变异位点,已成为农作物中最重要的辅助育种标记.桑葚是一种营养价值较高的水果,目前果桑品种选育方法仍然以传统育种方法为主,缺乏足够的SNP/Indel标记.本研究对3个时期"安葚"果实进行转录组测序,鉴定并分析桑葚转录组序列中SNP/Indel位点的特征,将含有SNP/...