二、Fst候选关键基因SNP位点位置信息的确定 注释结果中,variant_function 注释所有变异所在基因及位置。第1列为变异所在的类型,如外显子、内含子、基因间区、非编码区等,第2列是对应的基因名(若位于基因中,只有一个基因;否则有多个基因名用,隔开,),第3列为染色体编号,第4列和第5列是基因的起始终止位置,第6列...
基因注释文件命名为genes.gff放到ecoli文件夹下 回到snpEff.jar 同级目录 ,运行命令 echo "ecoli.genome:ecoli" >> snpEff.config 将ecoli.genome:ecoli添加到snpEff.config文件的最后一行 构建数据库 java -Xmx4G -jar snpEff.jar build -gff3 ecoli 在data/ecoli目录下会多出一个snpEffectPredictor.bin...
为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr,Nt注释,GO分类,COG分类,KEGG代谢通路注释...
SNP位点注释软件是由中国农业科学院深圳农业基因组研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2020SR0786215,属于分类,想要查询更多关于SNP位点注释软件著作的著作权信息就到天眼查官网!