该配图一共由三个图组成,不同染色体的SNP-index对其位置作整图、单一染色体的SNP-index对其位置作细节图以及对应的基因结构图。 a、b两图也差不多,都是由散点图和线图构成。 1 数据读取 # 一个是SNP-index值,另一个是SNP-index滑窗值。 snp_index <- read.delim("./snp_index.tsv", header=FALSE) sl...
library(ggplot2)# 加载绘图包ggplot2library(eoffice)# 为了后续将绘制好的图保存为ppt的可编辑格式 p1<-ggplot()+# 散点图,设置点的颜色与大小geom_point(data=snp_index,aes(x=V2,y=V8,color=factor(V1)),size=2)+scale_color_manual(values=c("#FF6A6A","#00BFFF","#32CD32","#FF6A6A","...
该配图一共由三个图组成， 不同染色体的 SNP-index [2] 对其位置作整图 、 单一染色体的SNP-index对其位置作细节图 以及 对应的基因结构图 。a、b两图也差不多，都是由 散点图 和 线图 构成。细节图即是突出显示某一条染色体上的具体情况，以2号染色体为例，与上图的绘制方法基本一致，但是...
image.png Ferragina-Manzini Index的原理涉及构建后缀数组和后缀树,并将它们组合在一起以实现高效的字符串搜索。让我通过一个简单的示例来说明其原理。 假设我们有一个文本字符串:ABRACADABRA。我们想要构建Ferragina-Manzini Index来加速在这个文本中查找特定模式的操作。 构建后缀数组: 首先,构建文本字符串的后缀数组,...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...
(1)文库构建:将基因组DNA打碎成200-500 bp,或用转座酶处理成300 bp片段,然后构建DNA文库,在各片段两端加接头及index,进行片段筛选后扩增纯化; (2) 外显子靶向捕获:用带有生物素的外显子探针库与文库进行杂交,然后探针与带有链霉亲和素的磁珠结合,将捕获外显子序列的磁珠收集并洗脱回收DNA,PCR扩增建库; ...
图5 GWAS4D可进行分析的界面 SNPedia是一个SNP百科全书类网站,它引用已经发布的文章或者数据库信息,对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息。我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病和症状来寻找相关的SNP(图6)。网址:https://www.snpedia.com/index.php/SNPedia。
1.2.3 籼粳特异SNP鉴定 ΔSNP-index被用来筛选籼、粳特异标记(图1-A), 本研究中SNP-index定义为: SNP-index = 1-Nref/Nall。其中, Nref是指在一个群体中, 某一SNP位点与参照基因组(粳稻品种: 日本晴)具有相同的等位型的品种数目; Nall是指在一个群体中, 某一SNP位点上所有的具有确定基因型的品种数目...
http://www.bioconductor.org/help/search/index.html?q=cnv/ 随便进去都可以找到很多raw data,可以自己进行分析的! http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/browse/?view=samples&platform=6801 比如:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM1949nnn/GSM1949207/suppl/GSM1949207%5FSB%5FCID0102B%5F071708%...
Information index, observed heterozygosity and expected heterozygosity of the candidate SNPs were obtained. The SNP loci were further screened by their polymorphism, obtaining the optimal combination of SNP loci. The molecular identities of tea cultivars were finally constructed by combining the basic ...