该配图一共由三个图组成,不同染色体的SNP-index对其位置作整图、单一染色体的SNP-index对其位置作细节图以及对应的基因结构图。 a、b两图也差不多,都是由散点图和线图构成。 1 数据读取 # 一个是SNP-index值,另一个是SNP-index滑窗值。 snp_index <- read.delim("./snp_index.tsv", header=FALSE) sl...
然后怎么利用这个文件绘制全部染色体的SNP-index的曼哈顿图只有VCF文件不行，你需要计算SNP-index才行，...
未对Δ (SNP-1ndex)取绝对值绘制的附图2-1和对△ (SNP-1ndex)取绝对值绘制的附图2-2表现出明显的不同,图2_1中窗口 Δ (SNP-1ndex)均<0,从前往后总的趋势是趋向于0,图2-2因为是取了绝对值后再做的滑窗分析,所以窗口 I △(SNP-1ndex) | 均>0,在窗口 Δ (SNP-1ndex)趋向O的位置,窗口 | ...
HRM检测SNP技术是依据在一定的温度范围内将PCR扩增的产物进行变性,期间实时检测体系内荧光信号。荧光值随着温度变化,可绘制溶解曲线。每一段DNA都有其独特的序列,因而也就有了独特的熔解曲线外形,如同DNA指纹图谱一样,具有很高的特异性、稳定性和重复性。根据曲线正确区分野生型纯合子、杂合子和突变性纯合子(下图)。
Error: while calculating LD from VCF file: index SNP position 101168611 does not exist in file.. 导致画出来的locus图所有位点都是灰色的,无法用颜色表示与lead SNP的连锁情况。 正确做法应该是提供的vcf文件染色体直接用数字,不带chr前缀,就可以正常画图 这里随便挑了个点,一点都不显著 有点小坑,一开始也...
【结论】鉴定到 囊菌的大量SNP 和InDel 位点，明确了 SNP 和InDel 位点的突变类型、基因组功能元件分布和密码子 突变类型，并揭 SNP 和InDel 位点与关键生物学过程的潜在关联#关键词： 囊；第三代测序技术；单分 测序；单核7酸多态性；插入缺失中图分类号：S895. 3 文献标识码：A 文章编号：0454-6296(...
起酶解位点变异的突变，如点突变〔新产生和去除酶切位点〕和一段DNA的重新组织〔如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化〕等均可导致限制性等位片段的变化，从而产生RFLP。EcoRⅠ酶切示意图 5’AG---GAATTC---GAATTC---GAATTC---CG3’3’TC---CTTAAG---CTTAAG---CTTAAG---GC5’AG---GAATTC---GAATTC...
整个自然群体的香农-威纳指数(shannon wiener index,SWI)的变异范围为 0.6895—0.6931,平均值 为 0.6923,其中,育成品种的平均香农-威纳指数 (0.6918)低于地方品种(0.6925),说明育成品种的 平均遗传多样性指数要高于地方品种. 多态性信息含量(polymorphic information content, PIC)的变异范围为 0.3732—0.3750,平均值为 ...
highlight.sector(sector.index = paste0("LG",i),col=col[i]) circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter, labels = paste0("LG",i), sector.index = paste0("LG",i),cex=0.5) } circos.trackPlotRegion(factors=df$Chr,y=df$Y) ...
建立样品索引,--sjdbFileChrStartEnd参数将所有样品的SJ.out.tab文件作为输入的annotated junction进行第二次建index。 STAR --runThreadN 20 --runMode genomeGenerate \ --genomeDir ./index \ --genomeFastaFiles /home/sll/genome-sheep/Oar_rambouillet_v1.0-STAR/GCF_002742125.1_Oar_rambouillet_v1.0_genom...