该配图一共由三个图组成,不同染色体的SNP-index对其位置作整图、单一染色体的SNP-index对其位置作细节图以及对应的基因结构图。 a、b两图也差不多,都是由散点图和线图构成。 1 数据读取 # 一个是SNP-index值,另一个是SNP-index滑窗值。 snp_index <- read.delim("./snp_index.tsv", header=FALSE) sl...
library(ggplot2)# 加载绘图包ggplot2library(eoffice)# 为了后续将绘制好的图保存为ppt的可编辑格式 p1<-ggplot()+# 散点图,设置点的颜色与大小geom_point(data=snp_index,aes(x=V2,y=V8,color=factor(V1)),size=2)+scale_color_manual(values=c("#FF6A6A","#00BFFF","#32CD32","#FF6A6A","...
该配图一共由三个图组成， 不同染色体的 SNP-index [2] 对其位置作整图 、 单一染色体的SNP-index对其位置作细节图 以及 对应的基因结构图 。a、b两图也差不多，都是由 散点图 和 线图 构成。细节图即是突出显示某一条染色体上的具体情况，以2号染色体为例，与上图的绘制方法基本一致，但是...
image.png Ferragina-Manzini Index的原理涉及构建后缀数组和后缀树,并将它们组合在一起以实现高效的字符串搜索。让我通过一个简单的示例来说明其原理。 假设我们有一个文本字符串:ABRACADABRA。我们想要构建Ferragina-Manzini Index来加速在这个文本中查找特定模式的操作。 构建后缀数组: 首先,构建文本字符串的后缀数组,...
(1)文库构建:将基因组DNA打碎成200-500 bp,或用转座酶处理成300 bp片段,然后构建DNA文库,在各片段两端加接头及index,进行片段筛选后扩增纯化; (2) 外显子靶向捕获:用带有生物素的外显子探针库与文库进行杂交,然后探针与带有链霉亲和素的磁珠结合,将捕获外显子序列的磁珠收集并洗脱回收DNA,PCR扩增建库; ...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...
图5 GWAS4D可进行分析的界面 SNPedia是一个SNP百科全书类网站,它引用已经发布的文章或者数据库信息,对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息。我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病和症状来寻找相关的SNP(图6)。网址:https://www.snpedia.com/index.php/SNPedia。
1.2.3 籼粳特异SNP鉴定 ΔSNP-index被用来筛选籼、粳特异标记(图1-A), 本研究中SNP-index定义为: SNP-index = 1-Nref/Nall。其中, Nref是指在一个群体中, 某一SNP位点与参照基因组(粳稻品种: 日本晴)具有相同的等位型的品种数目; Nall是指在一个群体中, 某一SNP位点上所有的具有确定基因型的品种数目...
24小时咨询热线:18518291175 1 2 3 4 SNP SNP 单核苷酸多态性 共1条 1 您的姓名: 您的电话:
SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。 不同物种、个体基因组DNA序列同一位置上的单个核苷酸存在差别的现象,这种差别的基因座,DNA序列等可作为基因组作图的标志。人基因组上平均约每1000个核苷酸即...