用于对snpEff软件注释后的.anno.bed文件进行提取,提取后的每个变异占一行,方便查看对应的选择信号值与变异的关系 #!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-''' @File : TratesnpEffOutfile.py @Time : 2024/05/29 09:20:14 @Author : Lulu Shi @Mails : crazzy_rabbit@163.com @link : ...
同义突变和非同义突变(***Synonymous and non-synonymous mutations) 点突变导致的单个核苷酸变化引起的突变可以是同义突变也可以是非同义突变。 同义替换突变将密码子替换为编码相同氨基酸的另一密码子,其最终的蛋白质序列没有改变。同义突变源于遗传密码的简并性。 非同义替换将密码子替换为编码不同氨基酸的另一密码子...
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中,在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释,对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件,snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释,使用时需要先进行安装,然后构建参考基因组数据库,即可对VCF文件进行注释,下面进行用法...
1、进入网站http://snpeff.sourceforge.net/,下载snpeff: 1 wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip 2、解压、安装 1 unzip snpEff_latest_core.zip 解压后出现如下图: 3、注释变异: 1 /path/to/java-Xmx4g -jar snpEff.jar GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf >...
利用snpeff对基因型vcf文件进行变异注释的详细方法 使用SnpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细步骤如下: 1.准备内容:环境需为Linux或Ubuntu,已安装openjdk。文件需要为基因型变异信息VCF格式,参考文件为gff或gtf注释文件、参考基因文件。 2.安装SnpEff:如果是通过conda安装,直接运行命令即可调用,对vcf文件进行注释。
问题一:各区域注释之和大于变异总数? 问题二:注释Region出现Gene和transcript等区域? 问题一:各区域注释之和大于变异总数? snpEff的结果很简单,但常常遇到如下问题。 我的SNP总数: 但是,注释的exon、intron和intergenic之和2,278,570就已经大于了总SNP数。
1 第 1 章引言 前列腺癌相关氨基酸变异及SNP 数据库构建及功能注释 目前还没有很好的办法来应对这两种情况。目前随着分子生物学理论和技术的发展, 对于前列腺癌形成的分子机制的研究得到了大大的前进。尤其是遗传连锁分析、荧 光原位杂交、生物芯片、比较基因组杂交和杂合性缺失等技术运用到前列腺癌的研 究中后,...
将ecoli.genome:ecoli添加到snpEff.config文件的最后一行 构建数据库 java -Xmx4G -jar snpEff.jar build -gff3 ecoli 在data/ecoli目录下会多出一个snpEffectPredictor.bin文件 对vcf文件进行注释 java -Xmx4G -jar snpEff.jar ecoli vcf_ann_Practice/E_coli_K12.filter.vcf > E_coli_K12.filter.eff...
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中,在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释,对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件,snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释,使用时需要先进行安装,然后构建参考基因组数据库,即可对VCF文件进行注释,下面进行用法...
snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件,snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释,使用时需要先进行安装,然后构建参考基因组数据库,即可对VCF文件进行注释,下面进行用法介绍。 安装方法 首先安装好java环境,通过官网下载最新版本的软件压缩包,然后解压即可,最好安装在自己熟悉的目录下。 # Download...