java-jar~/snpEff/snpEff.jar build-c~/snpEff/snpEff.config-gtf22-vAT_10#参数说明java-jar:Java环境下运行程序-c snpEff.config配置文件路径-gtf22 设置输入的基因组注释信息是gtf2.2格式-gff3 设置输入基因组注释信息是gff3格式-v 设置在程序运行过程中输出的日志信息 最后的AT_10参数 设置输入的基因组...
将ecoli.genome:ecoli添加到snpEff.config文件的最后一行 构建数据库 java -Xmx4G -jar snpEff.jar build -gff3 ecoli 在data/ecoli目录下会多出一个snpEffectPredictor.bin文件 对vcf文件进行注释 java -Xmx4G -jar snpEff.jar ecoli vcf_ann_Practice/E_coli_K12.filter.vcf > E_coli_K12.filter.eff...