Smart-seq技术在肿瘤微环境及免疫学、绘制精细化表达图谱等领域有广泛应用。例如,通过Smart-seq技术可以获得不同亚型肿瘤细胞的基因表达数据,为癌症患者的诊断、临床治疗以及疾病机制研究提供数据支持。 综上所述,Smart-seq技术是一种高效、准确的单细胞转录组测序方法,为生命科学领域的研究提供了有力工具。
保存运输: 细胞放入 SMART-seq 试剂盒指定的裂解液中,-80°C 保存,干冰运输。
Smart-seq2的引物设计更加精确,可以更好地应对低质量RNA样本,并且在捕获基因表达信息时表现更为灵敏。 技术优势 全长转录本测序:获取细胞基因完整转录本信息,准确了解单细胞基因表达谱。 适用性广泛:适用于多种细胞类型和样本,包括低质量单细胞RNA。 单细胞分辨率:具备高单细胞分辨率,能深度探索细胞异质性和亚型。
另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法，引入分子编码对mRNA进行定量统计，使转录本长度增加，灵敏度进一步提高，但仍然无法同时满足高通量、高基因检出能力和低成本的需求。为解决这一问题，该技术的开发者瑞典卡罗林斯卡学院的Rickard团队进一步开发了Smart-seq3xpress技术。图1：Smart-seq3xpress与Smart-seq3...
单细胞转录组测序技术,现在常用的是Smart-seq2技术流程和10×Genomics技术流程,两种技术各有优缺点,Smart-seq2技术可以获得完整mRNA的信息,但借助FACS分选一次只能构建96-384个单细胞测序文库;10×Genomics技术可以构建海量的单细胞测序文库(100000级别),但是只能获取mRNA3’端的信息,即只能获取转录本的部分信息。
Smart-seq2技术于2013年被发表于《Nature Methods》,在Smart-seq技术基础之上,通过使用一种模板切换引物探针(TSO)并将其3'末端最后一个鸟苷酸替换为锁核酸(locked nucleic acid,LNA),结合更高浓度的Mg2+和甜菜碱,提高扩增精准度的同时产量也跟得上,只需要50 pg级别的RNA即可满足构建测序文库的需求,同时通过改善MM...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。
作为一种单细胞测序方案,常规的SMART-seq通量有限,一次建库只能完成1个细胞的检测,多细胞建库操作较为繁琐。基于此,贝瑞基因推出的SMART-seq技术增大了通量,能够实现同时对96至几百个单细胞进行建库,并且捕获完整的转录本序列信息,大大提高基因检出的数量。