Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法，引入分子编码对mRNA进行定量统计，使转录本长度增加，灵敏度进一步提高，但仍然无法同时满足高通量、高基因检出能力和低成本的需求。为解决这一问题，该技术的开发者瑞典卡罗林斯卡学院的Rickard团队进一步开发了Smart-seq3xpress技术。图1：Smart-seq3xpress与Smart-seq3对...
作者构建了369 individual primary mouse fibroblasts ( F1 offspring from CAST/EiJ and C57/Bl6J strains ) 文库,然后构建全长转录本,并且同时使用smart-seq3构建的cDNA文库进行Pacbio建库,建库用的是SMRTbell Template Prep Kit 1.0-SPv3试剂盒,可以构建500–2,000 bp的文库, Circular consensus sequencing (CCS...
Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法,引入分子编码对mRNA进行定量统计,使转录本长度增加,灵敏度进一步提高,但仍然无法同时满足高通量、高基因检出能力和低成本的需求。为解决这一问题,该技术的开发者瑞典卡罗林斯卡学院的Rickard团队进一步开发了Smart-seq3xpress技术。 图1:Smart-seq3xpress与Smart-seq3对比 ...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是近年来快速发展的生物学技术,能够精准反映细胞间的异质性,在肿瘤免疫、胚胎发育、细胞分化等领域发挥重要作用,具有广阔的应用前景。基于SMART(Switching mechanism at the 5′ …
与Smart-seq3相比，Smart-seq3xpress在平板上由96孔板替换为384孔板，提升样本通量；在反应体系上由标准10 μL缩小至1 μL，减小反应体系；在建库流程上减少cDNA扩增循环数、去除cDNA浓度定量、片段长度质控和投入量归一化等步骤，简化实验流程。使测序成本在Smart-seq3基础上进一步降低3-4倍，而且获得的数据质量高...
与Smart-seq3相比,Smart-seq3xpress在平板上由96孔板替换为384孔板,提升样本通量;在反应体系上由标准10 μL缩小至1 μL,减小反应体系;在建库流程上减少cDNA扩增循环数、去除cDNA浓度定量、片段长度质控和投入量归一化等步骤,简化实验流程。使测序成本在Smart-seq3基础上进一步降低3-4倍,而且获得的数据质量高,能够...
与Smart-seq3相比,Smart-seq3xpress在平板上由96孔板替换为384孔板,提升样本通量;在反应体系上由标准10 μL缩小至1 μL,减小反应体系;在建库流程上减少cDNA扩增循环数、去除cDNA浓度定量、片段长度质控和投入量归一化等步骤,简化实验流程。使测序成本在Smart-seq3基础上进一步降低3-4倍,而且获得的数据质量高,能够...
与Smart-seq3相比,Smart-seq3xpress在平板上由96孔板替换为384孔板,提升样本通量;在反应体系上由标准10 μL缩小至1 μL,减小反应体系;在建库流程上减少cDNA扩增循环数、去除cDNA浓度定量、片段长度质控和投入量归一化等步骤,简化实验流程。使测序成本在Smart-seq3基础上进一步降低3-4倍,而且获得的数据质量高,能够...
题目:Single-cell RNA counting at allele and isoform resolution using Smart-seq3 期刊:Nature Biotechnology 通讯作者:Rickard Sandberg 1. 背景 大多数单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法通过将唯一分子标识符(UMI)与RNA的一小部分(从5 '或3 '端)一起测序来计数RNA。这些RNA末端计数策略已经在估计大量细胞的基因表...
Smart-seq2，基于SMART技术，具有高灵敏度与全长转录本覆盖度，但面临细胞分析通量低和成本高的挑战。Smart-seq3xpress技术应运而生，通过优化反应体系和实验流程，大幅降低试剂成本与实验时间，同时提高基因检出率、增强细胞图谱刻画精度，支持更多维度的数据分析，包括基因融合、SNPs、转录变异体等。这种技术...