这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。 基因检测效率对比 图.不同单细胞技术测序深度和基因检出数对比 采用抽样的饱和度分析对测序深度进行评估,当测序深度达到 100 万reads时,这六种测序方法均...
比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测...
这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。 基因检测效率对比 图.不同单细胞技术测序深度和基因检出数对比 采用抽样的饱和度分析对测序深度进行评估,当测序深度达到 100 万reads时,这六种测序方法均...
1.Smart-seq2: 由于单个细胞的RNA量较少,Smart-seq2通常需要较高的测序深度才能获得足够的覆盖度。这种方法可以获得全长转录本的信息,对于检测低表达基因和剪接变异较为敏感。 2.10X技术: 由于10X技术使用了条形码颗粒,可以将多个细胞的RNA混合在一起进行测序,因此可以获得更高的测序深度。然而,由于使用了3'末端测...
Smart-seq技术于2012年公布,Smart-seq2是升级版技术。Smart-seq2是可以检测mRNA全长的单细胞转录组测序技术,也可⽤于分析可变剪切。 Smart-seq2技术利用oligo-dT30VN作为反转录起始引物进行逆转录,逆转录至mRNA的5’端帽子结构时,利用MMLV酶的模板置换的活性,利用TSO作为模板,继续逆转录,进而添加5’通用序列。其...
开篇首先是关于多种单细胞转录组测序的方法的具体解释。 Smart-seq是全转录组扩增方法,通过oligo-dT引物和模板切换进行全长cDNA扩增。 Smart-seq2,Quartz-Seq和CEL-seq也被开发用于稳定地测量来自单个细胞的mRNA。 RamDa-seq在单个细胞中检测非聚腺苷酸(non-poly(A))转录本,包括长链非编码RNA和增强子RNA。
▲SMART-seq2 技术原理 伯豪生物提供:单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务,伯豪生物单细胞转录组测序优研服务商,24 小时咨询服务热线:021-58955370 1、起始量低:1 个细胞起始,适用于难以满足 10X Genomics 等平台起始细胞量要求的样本。 2、覆盖度高:测序覆盖 cDNA 的全长序列,每个细胞能够获得上万个基因...
首先呢,smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它可以覆盖到整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序,独立的fastq文件哦 。 然后呢,对于10X技术单细胞转录组呢,每次可以测好几千的细胞,每个...
通常敏感度的评估指对相同的实验材料在相同的测序深度下,单个细胞检测的基因表达数量。 结果表明,Smart-seq2的敏感度最高(中位数9,138/cell),Drop-seq和MARS-seq的敏感度最低,中位数分别为4,811/cell 和 4,763/cell(下图)。 还没看原文,测序深度设定多少 ...
二者操作上的区别，就是smart-seq属于low-throughput（直白的说就是在96孔板、或者384孔板、或者PCR管...