Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法，引入分子编码对mRNA进行定量统计，使转录本长度增加，灵敏度进一步提高，但仍然无法同时满足高通量、高基因检出能力和低成本的需求。为解决这一问题，该技术的开发者瑞典卡罗林斯卡学院的Rickard团队进一步开发了Smart-seq3xpress技术。图1：Smart-seq3xpress与Smart-seq3对...
Smart-seq2和10x Genomics Chromium是两种广泛应用于单细胞转录组测序的技术，它们在多个方面存在区别：比...
卡罗林斯卡学院的科学家们现在已经发布了Smart-seq3,这是一种对目前流行的Smart-seq单细胞检测方法进行了高度改进的迭代,具有显著提高的灵敏度(这意味着他们对细胞裂解前存在的所有rna进行了更大比例的测序)。重要的是,Smart-seq3还以5'端分子计数的新方法为特色,同时保留了完整的转录本覆盖率,这使得计算重建已计数...
与Smart-seq3相比，Smart-seq3xpress在平板上由96孔板替换为384孔板，提升样本通量；在反应体系上由标准10 μL缩小至1 μL，减小反应体系；在建库流程上减少cDNA扩增循环数、去除cDNA浓度定量、片段长度质控和投入量归一化等步骤，简化实验流程。使测序成本在Smart-seq3基础上进一步降低3-4倍，而且获得的数据质量高...
单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术快速发展，为肿瘤免疫、胚胎发育、细胞分化等领域提供精准的细胞间异质性分析，展现广阔应用前景。Smart-seq2，基于SMART技术，具有高灵敏度与全长转录本覆盖度，但面临细胞分析通量低和成本高的挑战。Smart-seq3xpress技术应运而生，通过优化反应体系和实验流程，大幅降低...
10X 技术测序数据由于技术特色在mRNA的3’端有着较强的bias,而Smart-seq2技术则在gene上有着更为均一的分布。同时, 10X技术数据在splicing分析层面并不适用。 但是,由于10X数据能够覆盖大量细胞,因此可以更好地检测稀有细胞类型。此外,每个...
Smart-seq2建库技术流程图 分析内容: 标准信息分析(需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果)高级信息分析定制化信息分析 测序质量评估与原始数据过滤,去除接头序列及低质量reads;比对参考基因组或参考基因序列;测序与比对评估:数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性分析;基因表达统计:基因覆盖度,表达量,表达...
smart-seq通常以分组的PCA点图呈现细胞群落，聚焦于组间、组内差异和基因表达变化。而10xGenomics常见于Umap、TSNE等可视化技术，用于展示细胞速度分析和特定基因在不同分组中的分布。综上，选择单细胞测序技术应根据具体需求和偏好，考虑细胞类型多样性、差异基因检测、转录组变化监测以及分析图效果等因素。
这样得到的cDNA经过PCR扩增,获得纳克级的DNA,纯化后可用于测序。 Smart-seq2 甜菜碱(N,N,N三甲基甘氨酸)是一种高效的甲基供体。在反转录体系中加入甜菜碱,其能够增加转录所需酶(蛋白质)的热稳定性,并通过破坏DNA螺旋的稳定性降低碱基对DNA热融化转变的依赖性。此外,甜菜碱还可以使cDNA的形成更加完整。一些RNA有...