SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR简介和实验设计质量控制数据预处理归一化和批处理效果校正数据集成ccamnn数据集对齐降维pcatsne和umap聚类差异基因表达分析细胞类型识别轨迹伪时间空间转录组学 SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR CSC – IT科学中心是芬兰国家和高等教育机构拥有的芬兰信息技术专业中心。为高等教育机构,...
首先拿到你的dataset> 标准化你的data > 降维> 聚类 > 建立你的tree(拟时间)> 差异基因分析。 现在介绍一个新的模型:RNA velocity。有道翻译:RNA速度。这个模型是基于生物学概念的一个模型。是一个基因表达的轨迹推断模型。 学生物的都知道,mRNA刚转录出来的时候,是没有经过剪切的。里面有内含子。剪切后,你会...
练习地址:https://github.com/NBISweden/excelerate-scRNAseq/blob/master/session-clustering/Clustering.md 之前讲了质量控制、降维,现在这一步就是鉴定你的data里的细胞群。上图就是一个简单的流程图。拿到scRNA-seq 的matrix,这个matrix里含有细胞和features(这里就是基因)。然后你把细胞聚类(clustering),然后你再试...
今天我们再来分享一个CSC的单细胞课程视频,Single cell RNA-seq data analysis with Chipster course (2018)[1] 该课程介绍单细胞RNA-seq数据分析方法,工具和文件格式。它涵盖了从原始读取到数字基因表达矩阵(DGE)的DropSeq数据的预处理,以及如何使用Seurat工具进行聚类查找细胞亚群。练习中同时使用了DropSeq和10X Geno...
单细胞RNA测序Single Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing 3876 1 7:35:42 App 生肉|Single cell RNA-seq data analysis with R (2019) 单细胞RNA测序数据分析教程 2万 31 31:32 App 30分钟拿下RNA-seq原理、操作方法、分析方法和应用场景 443 -- 3:15:30 App 单细胞RNA-seq ChiPster 6599...
Single cell RNA-seq data analysis with R This international hands-on course covers several aspects of single cell RNA-seq data analysis, ranging from clustering and differential gene expression analysis to trajectories, cell type identification and spatial transcriptomics. The course is kindly sponsored...
从这个系列开始，我们将跟着一篇《Cell》文章学习单细胞转录组数据的下游分析，以及下游分析数据的个性化...
图片来源:Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data[R]. Nature Publishing Group, 2022. 2、通过scDRS分析可以得到什么 第一、鉴定表型相关的细胞类型,比如下图: ...
Introduction R/Bioconductor Expression QC and Normalization Data Wrangling scRNAseq Identifying Cell Populations Feature Selection and Cluster Analysis Batch Effects Correcting Batch Effects Functional Analysis Pseudotime Cell Trajectories Functional Pseudotime Analysis Single Cell Multiomic Technologies CITE-seq and...
CellType=cellInfo$SubCluster) saveRDS(cellInfo, file="int/cellInfo.Rds") exprMat<-as....