1、https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#input 2、https://jmarchini.org/shapeit-3-usage/
http://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#formats 事先对需要填充的样本进行phasing, 可以有效提高填充的运行效率,如果后续使用impute2进行基因型填充,推荐使用shapeit对需要填充的样本进行单倍型分析。
Shape your photo using symbols, create amazing, profile picture & icon, design like a pro, and have fun! ShapeIt is a super easy-to-use app that allows you to create, design, and edit like a pro! Be creative and inspire others with your unique ideas!
ShapeIt 是一款超级易于使用的App,使用高度美观的符号形状轻松裁剪、遮盖和编辑您的影像!发挥创意去创建你独一无二的作品吧! 使用Shapeit,您可以: • 使用超过 5000 个符号形状作为照片的遮罩 • 新增阴影效果 • 增加梦幻效果 • 符号形状与照片之间的反向遮罩 • 更改您作品的背景颜色 • 水平和垂直翻转...
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使用 shapeit4 和 impute5 的基本流程如下：第一步，我们需要构建参考面板（如果已有则跳过），首先需要对输入的基因型文件质控，然后使用 shapeit4 进行定相，便得到了需要的参考面板。第二步，我们使用参考面板对候选群进行填充，首先我们使用 shapeit4 对候选群进行定相，再对定相后的基因型文件使用 impute5 软件...
Shapeit是一个专门用于推断基因组单体型（Phasing）的软件，它和beagle一样是当前用得最多的两个基于群体LD进行单倍型推断的软件，使用场景和算法彼此间大同小异。它目前的最新版是Shapeit3，但是常用的还是Shapeit2，也是在千人基因组项目中主要应用的版本。而Shapeit3主要是针对超大规模人群，一般是量级在几万人规模的...
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